阿笠博士帶柯南他們一起去吃回轉(zhuǎn)壽司的時(shí)候，遇見(jiàn)了一個(gè)讓人反感的客人我妻，他不僅挖苦元太和周遭的客人，而且還與這里的店長(zhǎng)發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)，當(dāng)柯南他們準(zhǔn)備離開(kāi)這種不愉快的氛圍時(shí)，我妻突然十分痛苦的倒地不起，柯南立刻判斷出他是被人毒殺，有三個(gè)曾與死者有過(guò)節(jié)的人成為了首要懷疑對(duì)象，然而警察并未從他們身上到隱藏的毒藥，兇手到底是誰(shuí)？他又是如何讓我妻拿到沾有毒藥的盤(pán)子？

小蘭和小五郎按照指示來(lái)到了車(chē)站，就在這時(shí)阿波羅發(fā)現(xiàn)了在車(chē)站里奇怪的男人并得到了接下來(lái)的線索U字。之后小蘭一行來(lái)到了接下來(lái)的提示的瓷器店而這時(shí)阿波羅和母親一起離開(kāi)剩下小五郎和小蘭繼續(xù)尋找線索。第二天在警方的要求下小蘭眾人繼續(xù)破解沒(méi)有完全解開(kāi)的暗號(hào)，而就在眾人解開(kāi)暗號(hào)來(lái)到會(huì)場(chǎng)之后，柯南發(fā)現(xiàn)賽場(chǎng)上的米奈芭有些不對(duì)勁！

阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)一起去參觀西田在家里建造的水族館時(shí)，遇到了旅行回來(lái)的西田的學(xué)生井村，他們用備用鑰匙進(jìn)了房子，沒(méi)想到光彥和元太竟然在廁所的浴缸里發(fā)現(xiàn)了西田的尸體，柯南注意到了死者脖子上的針孔、手指上的粘著劑、關(guān)閉的浴室電燈，并且還在步美的提醒下看到了水族箱里死去的蝦，這種種跡象表明西田是被人蓄意謀殺的，可是警察確認(rèn)為這是意外事件，就在他們準(zhǔn)備結(jié)案時(shí)，柯南說(shuō)出了真相！

園子的網(wǎng)球教練后藤貴雄即將參加比賽，為了給他加油打氣，園子和小蘭來(lái)到了北輕井沢，柯南去廁所的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)后藤與兩名女生糾纏不清。沒(méi)想到他在和園子進(jìn)行男女混合雙打時(shí)突然昏倒在球場(chǎng)上，警方介入調(diào)查并初步斷定后藤被人下了毒，由于鑒識(shí)人員在園子手套上檢測(cè)出毒物反應(yīng)，所以山村警官認(rèn)定園子就是兇手，為幫園子洗清冤屈，柯南又會(huì)有何行動(dòng)？

解決了暗號(hào)事件回到日本的柯南終于恢復(fù)了正常的生活，在放學(xué)回家的路上元太提議大家進(jìn)入即將拆遷的大樓內(nèi)來(lái)玩捉迷藏。就在這時(shí)元太發(fā)現(xiàn)有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發(fā)現(xiàn)這是有人發(fā)出的求救聲音，就在他們?cè)谒褜さ倪^(guò)程中發(fā)現(xiàn)了在檢查大樓的兩個(gè)工人。兩人告訴柯南他們那是他們發(fā)出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團(tuán)們開(kāi)始尋找被困的人，就在這時(shí)之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應(yīng)該這應(yīng)該辦！