小五郎帶柯南和小蘭去菜園屋頂?shù)臅r(shí)候，發(fā)現(xiàn)了其中一塊菜田主人中村的尸體，表面上看像是因?yàn)槟_底打滑磕到了后腦勺的意外死亡，但柯南察覺(jué)到了其中的蹊蹺，警察找來(lái)屋頂菜園的其他三名種植者進(jìn)行偵訊，每個(gè)人都沒(méi)有不在場(chǎng)的證明，并且其中一人的供詞卻引起了柯南的注意，當(dāng)大伙兒再次來(lái)到菜園進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)調(diào)查時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)了一塊奇怪的磚頭，而這無(wú)疑是找出兇手的關(guān)鍵線索。

柯南、小蘭和小五郎在百貨公司吃飯的時(shí)候，結(jié)識(shí)了樂(lè)隊(duì)吉他手中村悠介，之后，小蘭和他一起去地下室拿取CD，沒(méi)想到竟然在休息室看到了主唱渡邊友紀(jì)子的尸體，警方立刻展開(kāi)調(diào)查并且對(duì)樂(lè)隊(duì)其他人進(jìn)行偵訊，每個(gè)人都有殺人的動(dòng)機(jī)和嫌疑，就在他們互相指責(zé)懷疑之時(shí)，柯南在八樓發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵性的線索，兇手果然就是那個(gè)人！

警方在那海的家中并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)跟蹤狂出現(xiàn)的痕跡 ，可是兇手如果是那海，她又是如何犯案的呢？因?yàn)樗牟辉趫?chǎng)證明人正是白鳥(niǎo)警官。白鳥(niǎo)警官打電話讓高木在電影院調(diào)查，并讓他買(mǎi)飲料證實(shí)自己的想法，雖然這個(gè)結(jié)果讓白鳥(niǎo)警官難以承受，但是為了揭露真相，他揪出了兇手并破解了她的犯案手法，待一切塵埃落定，白鳥(niǎo)警官陷入了消沉的漩渦，就在這時(shí)出現(xiàn)了一個(gè)人……

為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來(lái)到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個(gè)小女孩在一起，同時(shí)照片上還出現(xiàn)了一個(gè)行蹤可疑的男人。這時(shí)，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來(lái)找一個(gè)叫陽(yáng)菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個(gè)孩子。據(jù)陽(yáng)菜的父親周平所說(shuō)，在陽(yáng)菜失蹤的同時(shí)他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進(jìn)行尋找時(shí)，陽(yáng)菜和小蘭遇到了危險(xiǎn)。

比賽中的米奈芭的狀態(tài)不佳，柯南發(fā)現(xiàn)她丟在地上的護(hù)腕從而發(fā)現(xiàn)犯人利用護(hù)腕告訴米奈芭自己已經(jīng)鎖定她的事情。柯南用阿波羅的票進(jìn)入會(huì)場(chǎng)尋找犯人，但面對(duì)易容高手的罪犯，柯南縝密的分析了米奈芭的擊球之后發(fā)現(xiàn)了犯人的真正目標(biāo)不是米奈芭而是她的母親！而阿波羅則告訴了柯南米奈芭如何每次在球場(chǎng)上準(zhǔn)確找到母親的方法。