作為青色古堡的探險(xiǎn)事件的參考人，阿笠博士和少年偵探團(tuán)的各位被叫到了警視廳。隨后2億元搶劫事件的受害人東都銀行的增尾行長(zhǎng)也來(lái)了。增尾在給家里的妻子打電話時(shí)，電話的那頭傳來(lái)了慘叫聲。當(dāng)警方趕到增尾家時(shí)發(fā)現(xiàn)妻子加代已被人刺死！雖然看起來(lái)是外部的入室殺人，但在柯南的推理下最終發(fā)現(xiàn)了兇手殺人的事實(shí)。

阿笠博士以少年偵探團(tuán)為對(duì)象進(jìn)行了一場(chǎng)尋寶之旅，舞臺(tái)就是阿笠博士的叔叔住的一個(gè)別墅，但在他叔叔過(guò)世的50年來(lái)，這棟本不該有人進(jìn)出的別墅卻發(fā)現(xiàn)有人來(lái)過(guò)的痕跡，他們還找到了一系列由月亮、星星和太陽(yáng)組成的古怪暗號(hào)，連博士事先藏好的玩具也被人用刀劃壞，這幢別墅一定暗藏玄機(jī)。

智明發(fā)現(xiàn)自己外婆的腳受了傷，因?yàn)榫煲獙?duì)陽(yáng)子進(jìn)行偵訊，所以小蘭就主動(dòng)提出幫助智明，自從小蘭見(jiàn)到智明就總是一副很中意的樣子，不是黑暗中緊抱智明的胳膊就是和他拉手，而且在她的臉上總是出現(xiàn)一片緋紅，這些全部讓柯南看在眼里，心里不禁大吃飛醋，難道小蘭變心了嗎？柯南在房間的二樓發(fā)現(xiàn)了碎片，并在房間中發(fā)現(xiàn)了可以解釋小光為何會(huì)花費(fèi)一分鐘的時(shí)間去打開總開關(guān)證物，接下來(lái)，就是揭穿真相的時(shí)間。

柯南等人搭乘環(huán)形電車的時(shí)候，突然從二號(hào)車廂里傳來(lái)慘叫，一名女子橫尸車廂，發(fā)現(xiàn)尸體的是死者的三名同事，柯南注意到死者耳朵發(fā)黑并且有被針狀物刺過(guò)的痕跡，由此推斷是被人毒死的，警察趕到后對(duì)死者的三名同事進(jìn)行偵訊并檢查了他們的物品，柯南發(fā)現(xiàn)其中一人物品很是可疑，沒(méi)錯(cuò)，兇手就是她！柯南已將謎底已經(jīng)解開。

柯南注意到恐怖妖怪的頭上分別有「R」「L」「N」三個(gè)字母，并將數(shù)字時(shí)鐘上被劃痕分開的11：0結(jié)合起來(lái)，解開了屋內(nèi)的謎題，在他的提醒下，小五郎也逐漸的明白了這些暗號(hào)的含義，到了夜晚，大家按照屋主留下的暗號(hào)，再次回到了鴿子時(shí)鐘下面，讓他們驚訝的是這次從時(shí)鐘里出現(xiàn)的不是妖怪而是……