情況危急，柯南立刻給江尻做人工呼吸，并讓阿笠博士帶著他搭乘漁夫井田的船趕往醫(yī)院，當(dāng)白根和金谷想要一同前往時，柯南卻出口阻撓，因為這起案件是蓄意謀害，而在這條防波堤上的所有人都有犯案的可能，現(xiàn)在能做的就保護犯案現(xiàn)場等待警察的到來。期間柯南對現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查發(fā)現(xiàn)了一些線索，并在阿笠博士打來電話報告情況后，排除了井田犯案的嫌疑，那么制造這起案件的就是白根和金谷中的一人。

在放學(xué)回家的路上，柯南、步美等人碰到了進(jìn)出珠寶店的高木警官，便一起跟了進(jìn)去，想不到在這里碰上了珠寶搶匪，于是，高木警官帶著柯南等人展開了追捕，可追到屋頂時，搶匪竟然毫不猶豫的跳了下去，摔在了樓下的搬家貨車上而身亡。巧合的是這輛貨車的雇主貓?zhí)镎撬勒吆蟠宓睦习澹履细鶕?jù)搬家公司員工的說法以及目擊者提供的零星線索斷定這是一起謀殺案件。

小蘭開始懷疑柯南的身份就是新一，拾到柯南遺落的手機的小蘭，想用發(fā)送手機郵件的方法來確認(rèn)真相。當(dāng)小蘭按下了電源開關(guān),卻出現(xiàn)手機解鎖的畫面。正當(dāng)她為解除4位密碼冥思苦想時，小蘭回想起半年前與新一的約會并解出了密碼。但發(fā)送給新一的郵件卻并沒有發(fā)送到柯南的手機上，而這時新一也打來了詢問的電話，最終小蘭打消了對柯南的懷疑。

阿笠博士帶著少年偵探隊來到岡山縣倉敷市展開了一場古代史之旅，他們在這里結(jié)識了因同學(xué)會而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來的暗號進(jìn)行尋寶時，卻發(fā)現(xiàn)那五人中的一人突然死亡，另外一個則被當(dāng)做重要關(guān)系人接受調(diào)查，根據(jù)少年偵探隊所找到的時光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個時光保存罐。

笹本安太郎和神尾總是遭到大學(xué)時期同在推理研究會的日影的襲擊，因為實在無法忍受這種恐懼，在笹本的提議下他們找到了小五郎，神尾說日影曾寄給他一份小說的原稿，而里面的內(nèi)容完全是如何殺人，而且他們的另一位同伴就死于小說中的手法，調(diào)查期間，神尾遭到炸彈襲擊， 笹本則差點被車撞傷，就在警察將注意力都放在搜索日影時，柯南卻認(rèn)為兇手另有其人。