除了發(fā)現(xiàn)煙頭，柯南還發(fā)現(xiàn)二川身上多處沾有血跡，博士等人也在懸崖上找到了寫(xiě)有遺書(shū)的手機(jī)，回到旅館后柯南將這件命案告訴了其他人，就在大家根據(jù)二川留下的遺書(shū)認(rèn)為他是自殺時(shí)，柯南卻說(shuō)他是被人用鋼管擊中頭部墜落山崖而死，于是少年偵探隊(duì)便對(duì)其他三個(gè)可疑人的房間進(jìn)行檢查，雖然一無(wú)所獲，但柯南還是發(fā)現(xiàn)了蛛絲馬跡，他讓灰原配合他演戲，沒(méi)想到真的有人上鉤，這個(gè)人就是真兇嗎？

小五郎要去參加米花街業(yè)余文藝會(huì)演，于是便與柯南，目暮警官和街道主管上島長(zhǎng)郎一同前往會(huì)場(chǎng)。途中，小五郎等人順路去了目黑美彌開(kāi)的飯館。大會(huì)結(jié)束后，只剩下了有人找的市松留了下來(lái)。小五郎，上島等人則去咖啡館“meruhenn”繼續(xù)第二攤。不久后目暮警官卻接到電話報(bào)告說(shuō)市松被刺！最終在柯南的推理下終于揭開(kāi)了事件的真相。

小五郎和柯南一起推斷這三個(gè)字的含義卻毫無(wú)頭緒，水無(wú)一句無(wú)意的話提醒了柯南，于是他打電話給警局確認(rèn)，不想事情真如他想的一樣，原來(lái)這是高木警官在這里執(zhí)行任務(wù)無(wú)聊時(shí)寫(xiě)的，接下來(lái)就是門(mén)鈴之謎，翌日門(mén)鈴再次響起，不過(guò)這個(gè)按門(mén)鈴的人卻被柯南抓個(gè)正著，沒(méi)想到居然是……本以為一切都結(jié)束了，柯南卻從無(wú)意中粘在水無(wú)鞋上的竊聽(tīng)器得知，她居然是黑衣組織的人。

大家找到校長(zhǎng)詢問(wèn)他下雨的時(shí)候是否出現(xiàn)在操場(chǎng)，沒(méi)想到卻得到了否定的回答，為了證實(shí)校長(zhǎng)的說(shuō)法，柯南又來(lái)找了在保健室休息的世古國(guó)繁，因?yàn)樗c保坂從小一起長(zhǎng)大，所以又了解了更多關(guān)于保坂的事情，這時(shí)，小蘭在走廊的木板上發(fā)現(xiàn)污漬，柯南將這些污漬與操場(chǎng)上出現(xiàn)的刮痕相聯(lián)系，沒(méi)錯(cuò)，制造靈異事件的就是那個(gè)人!

沒(méi)過(guò)一會(huì)兒，柯南就收到了園子被人搶走的手機(jī)傳來(lái)的簡(jiǎn)訊，雖然還不知道傳簡(jiǎn)訊人的意圖，但柯南卻察覺(jué)到事有蹊蹺，他立刻打電話給小蘭讓她注意安全。與此同時(shí)，他還解開(kāi)了博士留下的暗號(hào)，根據(jù)這個(gè)暗號(hào)的設(shè)計(jì)原理，他突然想起了死者見(jiàn)山所留下來(lái)數(shù)字的含義，然而，此刻遠(yuǎn)離柯南的園子和小蘭就在兇手的車(chē)子上……