追蹤光彥而來到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續(xù)殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時(shí)，光彥被殺人犯逮著。哀告訴柯南沼淵原來是組織的成員。柯南正要告訴哀光彥來此的目的時(shí)，光彥的徽章聲音迫近了。終于在眾人找到光彥的時(shí)候驚訝的發(fā)現(xiàn)他和光彥在一起！原來兩人都只是為了來看螢火蟲。

某日，童星絹川和輝來到毛利偵探事務(wù)，委托小五郎根據(jù)他媽媽寄來的明信片找出她的所在，于是，柯南一行四人跑遍熱海的旅店進(jìn)行詢問，最終找到了有這張明信片的旅店，店里除了三名女店員，還有一位叫下鴨的客人，當(dāng)晚，小蘭去給下鴨送鏡頭蓋時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)他被人勒死在浴室中，趕到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的警察從下鴨當(dāng)時(shí)拍攝的照片中發(fā)現(xiàn)，兇手是一個(gè)胸口有痣的女人，絹川得知后很難過，因?yàn)樗赣H的胸口就有一顆痣。

在電梯邊被殺的中條寫下暗號(hào)『○×△』。還有一個(gè)文字是在殺害現(xiàn)場(chǎng)的電梯踏板邊的『□』。柯南從英語老師朱蒂的話中得到啟發(fā)，在調(diào)查死者的工作場(chǎng)所之后發(fā)現(xiàn)碎紙機(jī)的存在從而推理出死亡信息的真實(shí)意義。原來死亡信息很像是文字的部分，像記號(hào)般的文字。而在對(duì)照目暮警官拿著嫌疑犯的名單之后很快找到了兇手！

柯南、小蘭、小五郎在吃完法國料理后回家的路上，碰巧看到了在西須三田車站的吵架現(xiàn)場(chǎng)。而之后那個(gè)中年男子在爭斗中從站臺(tái)掉下下去當(dāng)場(chǎng)死亡。根據(jù)目擊者以及當(dāng)事人的證詞警方都認(rèn)定是意外，但只有柯南注意到了隱藏在意外背后的不自然的地方，而在調(diào)查了犯罪現(xiàn)場(chǎng)后柯南終于揭開了案件的真相。而兇手也承認(rèn)了因?yàn)榕笥延龅杰嚨湺鴪?bào)復(fù)殺人的事實(shí)。

眼看車子馬上到達(dá)賢橋車站，但與黑色組織接觸之前，柯南還要先處理一件事情，那就是揭穿車上的這兩名珠寶大盜，將他們制服以后，柯南讓阿笠博士報(bào)警，而自己則只身犯險(xiǎn)進(jìn)入車站，他將碟片和支票都放在儲(chǔ)物柜里，自己躲在一邊暗中觀察，當(dāng)沃克拆除碟片時(shí)，今恩出現(xiàn)，他看出了柯南想要收集他們指紋的目的并推斷出他就在附近，于是便開始尋找，只聽兩人腳步漸漸逼近……