阿笠博士的金龜車(chē)在半路拋錨，導(dǎo)致他和灰原只能在路邊等便車(chē)，碰巧這時(shí)來(lái)了一輛前往東京的車(chē)子，車(chē)主是一對(duì)古怪的情侶，并且灰原還在車(chē)內(nèi)發(fā)現(xiàn)了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽(tīng)到這對(duì)情侶說(shuō)要找到柯南把他弄個(gè)半死之類(lèi)的話，驚恐的灰原趁機(jī)打電話向柯南求救，沒(méi)想到一直按照柯南指示的她竟然被這對(duì)情侶抓個(gè)正著，這兩個(gè)人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？

阿笠博士和少年偵探團(tuán)在河灘看螢火蟲(chóng)的時(shí)候，垂水打電話給運(yùn)來(lái)螢火蟲(chóng)的中嶺，不想電話的另一邊卻傳來(lái)痛苦的呻吟聲，于是大伙兒匆忙驅(qū)車(chē)趕往事發(fā)地點(diǎn)，到達(dá)時(shí)中嶺已經(jīng)在自己的車(chē)子里停止了呼吸，在他的旁邊還有一瓶有毒的飲料，有四人具有犯案嫌疑小和田道武以及他的女兒小葵、垂水和達(dá)馬，就在鳴龍梳理案情時(shí)，柯南注意到了元太從垂水車(chē)上拿的手電筒，這正是破案的關(guān)鍵！

服部這次帶來(lái)的案件是五年前去世的犬伏集團(tuán)會(huì)長(zhǎng)的養(yǎng)子女們接二連三離奇死亡的事件，而且據(jù)說(shuō)案件是由身上纏繞火焰像犬一樣的魔物所造成的，因?yàn)槠渲幸幻B(yǎng)子跟和葉的母親是舊識(shí)，于是柯南和服部一起登門(mén)拜訪探聽(tīng)詳細(xì)情況，沒(méi)想到對(duì)方的名字竟然是工藤伸一與工藤新一讀音相似，在他們?cè)儐?wèn)之前，伸一竟然被人設(shè)計(jì)成一氧化碳中毒而亡，之后，前來(lái)調(diào)查的警方從死者口中發(fā)現(xiàn)了一顆掉落的珍珠，這會(huì)是死者留下的死亡訊息嗎？

為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來(lái)到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個(gè)小女孩在一起，同時(shí)照片上還出現(xiàn)了一個(gè)行蹤可疑的男人。這時(shí)，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來(lái)找一個(gè)叫陽(yáng)菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個(gè)孩子。據(jù)陽(yáng)菜的父親周平所說(shuō)，在陽(yáng)菜失蹤的同時(shí)他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進(jìn)行尋找時(shí)，陽(yáng)菜和小蘭遇到了危險(xiǎn)。

意外的是門(mén)把上留下的指紋竟然是諸伏高明警官的部下，為找尋更多線索，大和刻意讓柯南跟著高明警官去曾經(jīng)住在別館里的翠川尚樹(shù)、山吹紹二、百瀨卓人和直木司郎家進(jìn)行詢問(wèn)，高明警官謊稱(chēng)在門(mén)把上檢驗(yàn)出他們的指紋來(lái)觀察他們的反應(yīng)，不所料直木司郎聽(tīng)說(shuō)了這件事之后神色緊張，就在大家以為他是兇手，準(zhǔn)備進(jìn)一步進(jìn)行調(diào)查時(shí)，直木司郎被人殺死，而他家里的其中一面墻壁被涂成了紅色。