小五郎，柯南和小蘭三人在前往泡溫泉的路上遇到了一起交通意外，其中駕駛紅色車(chē)子的速水當(dāng)場(chǎng)死亡，另一位車(chē)主車(chē)谷整司則身受重傷，據(jù)當(dāng)?shù)亟痪f(shuō)發(fā)生車(chē)禍的原因可能是因?yàn)闆_撞路線現(xiàn)象，但柯南卻并不認(rèn)為這是單純的交通事故，因?yàn)樗霸诒憷暌?jiàn)過(guò)這兩輛車(chē)子，當(dāng)時(shí)明明是開(kāi)往不同的方向?yàn)槭裁磿?huì)如此巧合的發(fā)生相撞，調(diào)查之后，事情果然如他料想一般，這是一起有預(yù)謀的殺人案。

大家二次來(lái)到倉(cāng)庫(kù)后發(fā)現(xiàn)了在門(mén)上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對(duì)面的大算盤(pán)，這很可能是啟動(dòng)機(jī)關(guān)的鑰匙，仔細(xì)觀察倉(cāng)庫(kù)之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，他叫來(lái)警察與他一起根據(jù)灰塵的多少撥動(dòng)算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動(dòng)，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結(jié)束后，柯南揪出了那個(gè)一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個(gè)人正是……

灰原要求查看電視臺(tái)在黑暗中拍攝的影像，然而除了電流被切斷的聲音和風(fēng)聲并沒(méi)發(fā)現(xiàn)有任何異樣，就在案件找不到頭緒時(shí)，大人們便開(kāi)始互相懷疑，這時(shí)，柯南蘇醒過(guò)來(lái)，但是他讓元太他們對(duì)此事暫時(shí)保密，根據(jù)基德在臺(tái)座上貼的卡片，柯南知道了右衛(wèi)門(mén)刻在柱子上的話(huà)以及基德的真身，他讓少年偵探團(tuán)戳穿他的身份，這一次基德能否成功脫身？

柯南和小蘭在東都環(huán)狀線列車(chē)上遇見(jiàn)了一位見(jiàn)義勇為的老人，然而，沒(méi)想到當(dāng)他們?cè)俅我?jiàn)面時(shí)卻是在殺人現(xiàn)場(chǎng)，死者是詐騙集團(tuán)的通緝犯，而這位名叫法月的老人正是此案的目擊證人，他說(shuō)自己曾看到同是詐騙犯的桐谷出沒(méi)案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，但桐谷卻大喊冤屈，期間，柯南察覺(jué)到老先生法月的證詞有疑點(diǎn)，深入調(diào)查后，真相果然如他料想一般。

遭到魔犬追擊的和葉和小蘭趕緊跑到屋里躲起來(lái)，沒(méi)過(guò)一會(huì)，魔犬就消失了蹤影只留下一串火腳印，以此同時(shí)，從佐紀(jì)案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)找到玻璃球的柯南等人也趕來(lái)宅邸，據(jù)和葉和小蘭回憶她們當(dāng)時(shí)不僅聞到了洋蔥味還看到腳印在跳動(dòng)，這時(shí)，養(yǎng)子知晃說(shuō)起了美我子溺斃沼澤旁邊的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼澤進(jìn)行查看，沒(méi)想到魔犬再次出現(xiàn)。