平次和合葉被惡毒的律師美里沙關(guān)了起來，并強迫服部來解開楠川偵探留下的一句暗號。另一方面柯南雖然在掌握了平次他們的行蹤，但因為找不到只好找了家飯店吃午飯。突然平次打了一通電話過來，要求幫忙解暗號密碼，但柯南發(fā)現(xiàn)了暗號密碼的異常。此時，服部也為美里沙解開了暗號的謎題，而柯南也成功解除謎題并報警解救出平次和葉子。

就在警方和小五郎集中精力思考兇手是如何調(diào)換毛巾時，柯南卻重返飯桌，回憶當(dāng)時自己為拿醬油和辣油轉(zhuǎn)旋轉(zhuǎn)桌面時的場景，這時他突然想到或許兇手根本就不是用有毒毛巾殺人的可能，在向鑒識人員確認(rèn)了自己的想法后，兇手浮出水面，他讓所有人都按照案發(fā)時的位置做好，并重現(xiàn)當(dāng)時的場景，而兇手卻在不知不覺間自己露出了馬腳。

少年偵探隊為了看電影假面劍客的試映會，在有希子的帶領(lǐng)下來到東都現(xiàn)象所，可是由于某些原因，預(yù)定的試映時間必須向后延長，而有希子又要趕搭飛機先行離開，因此柯南等人就暫時留宿穗島先生家，沒想到的是在客廳沙發(fā)上睡覺的古村先生被不明人士用刀子刺向了心臟，當(dāng)場身亡。

無法渡海，大家只能暫時待在鎮(zhèn)長家的廢棄別墅里，然而干坐在這里等救援還不如對這棟房子進(jìn)行一番調(diào)查，于是 ，大家就分組行動，柯南和服部等人在一樓的房間里發(fā)現(xiàn)了鎮(zhèn)長和他女兒的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然間，二樓傳來慘叫，久米不知為何在看到鎮(zhèn)長女兒的肖像油畫后就變的很反常，這時，救援船趕來，可船上卻只有一具船長的尸體和一行字句，事情變得越來越奇怪了。

受園子的邀請，柯南、蘭、小五郎到輕井澤游玩。因為在森林中迷了路，所以決定在山里的一軒家借宿。在那里，遇見了白天見到的網(wǎng)球教練明石寬人。但是，夜里，卻發(fā)現(xiàn)了寬人的父親巖夫上吊的尸首。在柯南的提示下，警官也發(fā)現(xiàn)從尸體嘴里留下的不正常血跡。之后眾人還得知了石明三年前妻子去世的事情。而明石身上的疑團(tuán)也越來越多。