13年前，發(fā)生過的國友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認(rèn)為有恐高癥的波花不會接近關(guān)口被殺的3層的陽臺，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習(xí)慣和病癥，都不太可能是殺害關(guān)口的犯人。而在藥瓶上檢測出來的未知的指紋更使兇手的身份疑團(tuán)加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。

不忍看到和葉為解死亡訊息焦急流淚，于是，服部在與柯南的對話中有意的透露一些提示，所幸和葉一點(diǎn)就通明白了其中的奧秘。另一邊，警方叫來最先發(fā)現(xiàn)尸體的四人，并一一做了偵訊發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都心懷鬼胎有殺人的動機(jī)，而柯南和服部也沒有停止尋找真兇，就在二人找到新的線索時(shí)，和葉突然大呼自己知道誰是兇手。

小蘭、柯南、服部以及和葉一行四人去看魔術(shù)師星河童吾的奇幻魔術(shù)秀，在表演水中脫逃的時(shí)候，和葉和小蘭以為魔術(shù)失敗，便沖向舞臺準(zhǔn)備救人，卻沒想到這只是為了營造舞臺效果而做的表演。為表歉意，和葉和小蘭來到后臺，并在這里遇到范田和姬宮，原來他們都是十年前失蹤的魔術(shù)師正影的弟子，之后，他們四人受邀來到了正影家，可就在這短短的時(shí)間內(nèi)竟然發(fā)生了命案。

某天，一個(gè)自稱杉森政人的作家找到小林老師，說想要采訪少年偵探團(tuán)，得知這個(gè)消息后，元太、步美和光彥三人盛裝打扮，大家在小林老師的帶領(lǐng)下來到了杉森家，卻發(fā)現(xiàn)他的頭部遭人重?fù)簦阉烙诩抑校浇?jīng)過調(diào)查將嫌疑人士鎖定于在答錄機(jī)中留言的四人，而在這期間，讓柯南頭大的不止有案情還有一臉疑惑看著柯南推理的小林老師。

這天小五郎回到事務(wù)所后小蘭告訴他說說英理前來拜托希望在她出門的這段時(shí)間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍(lán)貓寄養(yǎng)在事務(wù)所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學(xué)了。在她走后，有一個(gè)自稱為桐下的男人來到了事務(wù)所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發(fā)來的手機(jī)短信。因?yàn)槎绦诺膬?nèi)容像是什么暗號，桐下無法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發(fā)現(xiàn)了暗號的意義。