左山傀無意中提到香積庵，紀曉嵐與趙青前去探訪?？紙鲋?，和珅與敏德三人當著小月做出嚴查之勢，實則根據(jù)考生文具上的標記，使那些花錢作弊的考生順利進入考場。正當和珅得意之時，紀曉嵐趕到，將敏德手下負責(zé)搜檢考生的兵丁全部調(diào)換，并重新進行檢查，將已經(jīng)蒙混過關(guān)的考生查出。趙青詫異于吳盛欽沒有參加恩科考試，吳盛欽卻表示自己以重金賄賂考官，不用考試也能坐上官椅。和珅發(fā)現(xiàn)趙青欲找紀曉嵐告發(fā)此事，便派人將其劫持到香積庵以滅口。和珅等人本以為考試結(jié)束便萬事大吉，誰知紀曉嵐提出為了避免考生在試卷上留暗語作弊，要找人重抄試卷。正當趙文龍及眾閱卷官不知如何是好時，左山傀想出一計。

紀曉嵐在眾信徒面前一一揭露了李二設(shè)下的騙局。眾信徒醒悟，李二只得低頭認罪。紀曉嵐將當初留在海升之妻身上的四指掐痕與任五的手印做對比，兩者吻合，乾隆意識到海升被陷害。紀曉嵐讓海升與小芳做臨別遺言，兩人真情流露，隔壁的乾隆終于了解了冤情。乾隆下令嚴懲真兇，并賜海升與小芳完婚。早朝之時，乾降于閑談之中指出朝廷里存在結(jié)黨營私、欺上瞞下的現(xiàn)象，百官皆心虛不已，噤若寒蟬。下朝后，和珅竭力表示自己一身清白，卻偏偏遇到了正在等候自己的同黨——浙江巡撫盧焯。

和珅知道紙里包不住火，于是將齊蘇圖的贈銀封好，以便日后上繳以示清白。乾隆暗示銀妃要堅決查辦齊家，銀妃佯裝大義滅親，以死來表示自己不愿讓乾隆為私情所累，乾隆深受感動，表示不再追究齊家。太后此時也出面對銀妃予以袒護。劉全跟蹤紀曉嵐找到工匠住處。瘋癲的洪仁趁眾人不備跑出院子，被劉全劫持。紀曉嵐無意中發(fā)現(xiàn)了古大力挖的暗道。和珅惟恐自己被連累其中，于是讓劉全將工匠的藏身之處透露給齊家，再制造洪仁瘋癲之中縱火的假象以害死洪仁。小月夜闖皇宮，讓乾隆秉公執(zhí)法，查辦齊家，乾隆卻表示礙于親情，無能為力。紀曉嵐再次披露齊家貪贓枉法的罪行，乾隆大怒。齊蘇圖趁紀曉嵐去給工匠送飯之機，將房子點燃。紀曉嵐等人猶如甕中之鱉。

小芳自首，表示自己殺死了姐姐。紀曉嵐責(zé)怪小月擅自將海升之事告訴小芳，將事態(tài)嚴重化。貴寧、賈三光天化日要劫走香兒，香兒在廝打中不慎撞死。當聽說逃走的打手是長了四指的任五，紀曉嵐豁然開朗。得知小芳就是昔日選秀時大鬧順貞門的人，乾隆派紀曉嵐和綿恩重審小芳。小芳公堂之上自欖罪責(zé)，紀曉嵐讓海升與其對質(zhì)，海升與小芳爭相認罪，紀曉嵐與和珅陪乾隆去戒臺寺。方丈受紀曉嵐委托。將李二原本為一村夫野漢，卻因得到官宦輔佐而搖身一變成為活佛的真相告知乾隆。紀曉嵐發(fā)現(xiàn)任五藏匿在此。在豆腐坊無意中得知黃豆受潮發(fā)芽的力量足以頂動石頭而得出佛像破土而出是因為土中埋有黃豆的結(jié)論后，紀曉嵐找到綿恩，讓其派兵捉拿李二以及任五。

紀曉嵐與和聯(lián)手派人護送御醫(yī)呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內(nèi)，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設(shè)圈套，使和、?？蛋才灿秘暺返牟涣x之舉和此后協(xié)助自己調(diào)查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應(yīng)召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。