服部、和葉來到東京與柯南他們賞櫻的時(shí)候，一名來自升岳寺的小和尚突然找到小五郎拜托他調(diào)查一件古怪的事情，他說幾天前寺里來的一個(gè)女施主腹部刺傷血流遍地的倒在別館里，但當(dāng)他叫師父和警察來時(shí)，屋內(nèi)卻空空如也。于是，柯南，服部等人一同前往調(diào)查，除了在屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)耳環(huán)固定夾再沒有別的線索，就在他們離開之前小和尚傳久說屋里又有女尸，待柯南趕到時(shí)，卻什么也沒有，難道這都是傳久的幻覺？

放課后，小林老師神神秘秘的讓同學(xué)們都離開教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個(gè)江戶川亂步迷老師的意圖，之后，同學(xué)們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號的所指，就在他要揭秘時(shí)卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學(xué)，沒有柯南的幫助，他們能否解開暗號找到老師呢？

警察在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了一個(gè)筆記本，上面以流動日記的形式寫著這四名死者害死甲斐先生的秘密，根據(jù)這個(gè)筆記本，大和警官推測兇手就是因?yàn)閮?nèi)疚而動手殺人的繁次。但是還有疑點(diǎn)并未解開，于是，柯南和服部兩人再次來到了綾華的死亡現(xiàn)場，并從一名警察那里聽到了關(guān)鍵的線索，兇手就是……

少年偵探團(tuán)和阿笠博士一起去露營，沒想到不但迷了路就連車子也爆了胎，大家只好到深山里只住著一位老婆婆的房子借宿，隨后，又來了三個(gè)同樣因迷路而趕來過夜的三個(gè)年輕人。然而就在光彥半夜目擊到老婆婆磨刀后，三名男女中的大庭茜被人用利刃刺傷脖頸，失血過多而死，警方立刻介入調(diào)查，并在這件屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)了多把刀具。

小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！