帝丹小學(xué)校慶這一天，少年偵探團(tuán)拿著阿笠博士送給大家的電影折價(jià)券一起去看電影，大家爭執(zhí)之后決定去看哥美拉的三部片子，沒想到今天是這家電影院最后一天營業(yè)，柯南等人成了最后一批觀眾，就在欣賞電影之際，熒幕上卻出現(xiàn)了一個(gè)黑影，原來這個(gè)黑影就是迫使電影院關(guān)門的張?zhí)锏倪z體，在警方要以自殺確定這件案子的時(shí)候，光彥卻說一句讓大家驚訝的話！

某天，小五郎收到一封請(qǐng)求信，一個(gè)叫中村操的人說他搬進(jìn)繼承的別墅之后，就碰到很多詭異的事情，到達(dá)后，柯南發(fā)現(xiàn)這個(gè)別墅確實(shí)充滿謎團(tuán)，大門扶手缺少的雕像，別墅里隨處可見動(dòng)物時(shí)鐘，所有數(shù)字型時(shí)鐘相同的刮痕，在屋頂?shù)拈w樓里好像有人，跟十年前疾風(fēng)竊盜集團(tuán)有關(guān)的新聞資料，高爾球袋上的DEMON字樣，另外，還有從鴿子時(shí)鐘里出來的恐怖妖怪，解開這些謎團(tuán)的鑰匙在哪里呢？

原來幸田把從寶石店里偷來的寶石分散埋在了綿貫家的院子里，而警察追過來時(shí)幸田稱寶石被埋到了院子里而警方則不得不挖開整個(gè)院子。但警察在挖掘后并沒有發(fā)現(xiàn)尸體。少年偵探團(tuán)的各位在調(diào)查了綿貫家附近之后發(fā)現(xiàn)了綿貫殺害早苗的事實(shí)和藏尸的地點(diǎn)。在少年偵探團(tuán)們的的指引下警方最終找到了早苗的遺體，而遺落的大波斯菊的種子最終說明了早苗鎖在的地點(diǎn)。

少年偵探團(tuán)不小心將棒球打到隔壁別墅的院子里，撿棒球的時(shí)候卻被別墅的主人綿貫義一趕了出來，在回到偵探事務(wù)所的路上，大家碰到一個(gè)跟假面超人里鼴鼠星人很像幸田正夫先生，他說他妹妹一個(gè)月前突然下落不明，一定是被綿貫殺掉埋在院子里，待他離開后。少年偵探團(tuán)偷偷溜進(jìn)院子挖尸體，這時(shí)，珠寶店發(fā)生搶劫案，兇手正是幸田正夫，他的目的到底是什么。

柯南和服部發(fā)現(xiàn)所有的被害者都有開車的記錄，深入調(diào)查后服部等人察覺到事情可以追溯到20年前，因?yàn)樗械谋缓φ叨籍厴I(yè)于同一所駕校，并且畢業(yè)那天，他們的教練因酒駕而喪生，案情剛有進(jìn)展小蘭就接走了柯南，途中他們逮捕了和此事相關(guān)的通緝犯沼淵，而另一邊，服部則前去找和被害者們同一屆畢業(yè)的鄉(xiāng)司議員，在等待的過程中，服部從20年前那張駕校的畢業(yè)照上發(fā)現(xiàn)了事情的真相。