新一、小蘭和阿笠博士依照暗號(hào)的指示一路來(lái)到了米花辦事處，并在樓頂找到了最后一個(gè)暗號(hào)，這個(gè)寫有s→w的暗號(hào)到底是何含義？阿笠博士說(shuō)這或許代表方向，而此時(shí)出現(xiàn)在西南方的竟是泛紅的夕陽(yáng)，新一認(rèn)為這都是爸爸想讓自己看到落日才出的暗號(hào)。講完這個(gè)十年前的故事后，柯南突然發(fā)覺(jué)有哪里不對(duì)，便重新將這個(gè)事件重新梳理，驚奇發(fā)現(xiàn)這個(gè)謎題其實(shí)是……

柯南、小蘭和小五郎一起去逛商場(chǎng)，沒(méi)想到書店附近傳來(lái)了一聲尖叫，只見(jiàn)一名男子渾身是血昏倒在地，接到電話的警方火速趕到并立刻封鎖現(xiàn)場(chǎng)，期間柯南和偶遇的灰原從一名小偷那里得知了歹徒的些許信息，之后，二人又對(duì)樓上的牙科診所進(jìn)行了調(diào)查，根據(jù)搜集到的信息，他們鎖定了目標(biāo)，就在歹徒企圖再次傷人時(shí)，警察及時(shí)趕到。

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯(lián)系，而在此之前小蘭從他那里聽(tīng)說(shuō)，他好像在杯戶中央醫(yī)院找姐姐的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了關(guān)于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對(duì)策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報(bào)人員，隨后，柯南一行人趕到醫(yī)院向護(hù)士詢問(wèn)英祐的事情，沒(méi)想到竟然還有另一個(gè)人像英祐一樣在這家醫(yī)院打聽(tīng)水無(wú)憐奈的事情。

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開(kāi)了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過(guò)程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過(guò)其他手段將搜集來(lái)的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無(wú)疑就是在向黑暗組織昭示水無(wú)憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無(wú)憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

對(duì)三天后即將失效的殺人案兇手不斷發(fā)出挑釁言論的犯罪心理學(xué)家平棟堂次，在自己家中遭到殺害，兇手在他的背上刻下了Z字型傷痕。為找尋更多的線索，柯南等人跟著高木警官來(lái)到了二十年前的受害人家中詢問(wèn)相關(guān)案情，雖然只得到了零星線索，但柯南卻將它們串聯(lián)起來(lái)并發(fā)現(xiàn)了共同點(diǎn)，那就是這四名被害者或許是一起打麻將的牌友，于是，高木和柯南等人決定順藤摸瓜，逐一調(diào)查他們可能去過(guò)的麻將館。