四代水影矢倉曾經用恐懼支配著村子，而神樂是矢倉的孫子，他一直認為自己體內流淌著劊子手的血，為此他放棄了繼承忍刀七人眾的稱號只愿輔佐長十郎，和博人相識改變了這一切。神樂下定決心繼承雙刀鲆鰈，并立志將其用于和平。但干柿尸澄真的出現讓這一切有了變數，他利用神樂的心理陰影推動反叛。

木葉的少年忍者們都在父親的教導下練習忍術，這讓沒見過自己父親幾面的佐良娜心里很不是滋味，就連常做蠢事被鳴人追著到處跑的博人也足夠讓她羨慕。積壓已久的情緒終于爆發了，她詢問母親關于父親佐助的事情，但小櫻模棱兩可的回答并沒有說服她。一次偶然的契機佐良娜看到了佐助與鷹小隊成員的合照，照片中出現的女人讓她開始懷疑自己的身世。

神樂還是沒有辦法反抗尸澄真的命令，毫無戰意的他只能朝著博人不斷地揮舞著鲆鰈，而巳月的趕到讓事情有了轉機。巳月手中的證據讓尸澄真等人私下的劣行暴漏無疑，改革也只是為了發動戰爭的借口而已，得知自己被騙的神樂非常悔恨，博人和巳月決定出手阻止尸澄真的野心，他們能將事態控制在最小范圍嗎？

佐助等人朝著信的巢穴前進，途中他們遭到了眾多克隆體的攻擊，雖是克隆體但鳴人并沒打算下重手，在鳴人壓制克隆體時佐助與佐良娜先行一步援助小櫻。確定信沒有同伙后小櫻展開了攻勢，在和佐助匯合后信被完全壓制，所有的克隆體全部集中到了信的周圍，但他們做的第一件事竟然是殺死了信，在信不知道的情況下克隆體們實施著自己的計劃。

董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。