小五郎受到一出推理劇的邀請負(fù)責(zé)前言部分的講解，巧合的是他在這里與他的國中同學(xué)，當(dāng)前的大明星雨城瑠璃再度重逢。片場的偵探演員風(fēng)見良輝，總是惡語傷人，把每一個人都搞的很不愉快，于是，導(dǎo)演建議大家先休息三十分鐘，此時正好下起了大雪，瑠璃邀請大家外出賞雪，可是沒過一會兒，別墅內(nèi)傳出了瑠璃驚恐的尖叫，柯南等人急忙趕去，看到的卻是倒在血泊里的風(fēng)見，警方趕來后對波原霞、南云曉、南云伸晴和雨城瑠璃這四名最有嫌疑的人進(jìn)行了搜查，然而卻并未發(fā)現(xiàn)兇器。

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來到了詭異的圖書館和導(dǎo)致保坂死去的樓梯，經(jīng)過一圈查看，柯南已大致明白，就在這時，操場中間突然出現(xiàn)了保坂的書桌……

柯南在新出醫(yī)院遇到的老先生說了一段讓人匪夷所思的鬼怪理論，為了探求真相，柯南等人來到了這棟有鬼出沒的公寓，在其旁邊還有一棟因人自殺而停工的公寓，正前方的公園也曾現(xiàn)過一具女性的焦尸，這些傳聞聽著就叫人毛骨悚然。當(dāng)晚，大家在老先生的房中等鬼出現(xiàn)時，卻不知不覺都睡著了，恍惚中，電視自己打開并出現(xiàn)了恐怖畫面，而馬桶的水也突然變成紅色，窗外還出現(xiàn)了鬼影，難道這棟公寓真的有鬼？如果這一切都是人為，那么他又有什么目的呢？？

眼看車子馬上到達(dá)賢橋車站，但與黑色組織接觸之前，柯南還要先處理一件事情，那就是揭穿車上的這兩名珠寶大盜，將他們制服以后，柯南讓阿笠博士報警，而自己則只身犯險進(jìn)入車站，他將碟片和支票都放在儲物柜里，自己躲在一邊暗中觀察，當(dāng)沃克拆除碟片時，今恩出現(xiàn)，他看出了柯南想要收集他們指紋的目的并推斷出他就在附近，于是便開始尋找，只聽兩人腳步漸漸逼近……

和葉與小蘭在廚房找食物的時候，柯南和服部也出現(xiàn)在那里，并且兩人又在椅子下面發(fā)現(xiàn)了奇怪的名字，絞盡腦汁想要破解這些文字含義的柯南與服部兩人卻因為和葉無意中的一句話而茅塞頓開，雖然知道了兇手是誰，但卻找不到?jīng)Q定性的證據(jù)，于是二人設(shè)下圈套讓兇手自投羅網(wǎng)，一切都按計劃進(jìn)行，兇手果然有所行動，可他卻不知道等待他的是兩名偵探！