阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)到深山里挖竹筍的時(shí)候，車子突然出現(xiàn)故障，柯南等人被迫留在深山之中。為了避雨而來到這里別墅區(qū)的少年偵探團(tuán)被一陣鋼琴聲所吸引，于是，大伙兒進(jìn)入這棟別墅，雖然這里有人生活的痕跡卻沒有看到半個(gè)人影，而且留在現(xiàn)場(chǎng)的日記還寫著可怕的內(nèi)容，之后大家決定找出日記中出現(xiàn)的被綁架男孩，這時(shí)，屋內(nèi)突然停電，伴隨著少年偵探團(tuán)的恐慌鋼琴聲再次響起。

小五郎，柯南和小蘭三人在前往泡溫泉的路上遇到了一起交通意外，其中駕駛紅色車子的速水當(dāng)場(chǎng)死亡，另一位車主車谷整司則身受重傷，據(jù)當(dāng)?shù)亟痪f發(fā)生車禍的原因可能是因?yàn)闆_撞路線現(xiàn)象，但柯南卻并不認(rèn)為這是單純的交通事故，因?yàn)樗霸诒憷暌娺^這兩輛車子，當(dāng)時(shí)明明是開往不同的方向?yàn)槭裁磿?huì)如此巧合的發(fā)生相撞，調(diào)查之后，事情果然如他料想一般，這是一起有預(yù)謀的殺人案。

小五郎受東山先生之邀來到獵戶座企劃公司，沒想到在這里打電話聯(lián)系東山先生的時(shí)候，竟然看到窗外有人墜樓而亡，警方立刻介入調(diào)查，死者名叫高幡，同是這家公司的職員，而當(dāng)時(shí)在公司的只有東山和另一名職員砂川七惠，但東山卻有充分的不在場(chǎng)證明。之后，隨警方來到高幡辦公室的柯南在這里發(fā)現(xiàn)了一些關(guān)鍵線索，即使案件多么錯(cuò)綜復(fù)雜但真相只有一個(gè)！

少年偵探團(tuán)與白鳥警官在電影院偶遇，期間，他回想起了自己想要成為警官的理由，這時(shí)，一名叫笠倉(cāng)那海的小姐與大家相識(shí)，并且她與白鳥警官曾經(jīng)相識(shí)過女孩一樣，會(huì)用吸管包裝紙做成的花帶裝飾樂杯，難道她就是白鳥回憶中的少女？在聽說那海被跟蹤狂騷擾之后 ，大家一起前往她現(xiàn)居住的公寓 卻在發(fā)現(xiàn)她的男友橫尸家中，這是跟蹤狂犯下的命案嗎？還是這根本就是那海的自導(dǎo)自演？

雖然根據(jù)收據(jù)知道了這13件t恤是在每個(gè)周日的12：28所購(gòu)買的物品，但專柜的銷售員卻不記得購(gòu)買人的長(zhǎng)相，與此同時(shí)，柯南從t恤上奇怪的折痕調(diào)查出了十多年前的登山家遇難事故，而這似乎與這起爆炸事件有特殊的關(guān)聯(lián)，就在人質(zhì)們開始躁動(dòng)的時(shí)候，柯南將小五郎麻醉，并指出了放置炸彈的幕后黑手，而他就是……