少年偵探團(tuán)和阿笠博士一起應(yīng)邀參加冰雕祭奠，而邀請(qǐng)他們的則是前任村長(zhǎng)的女兒美加小姐，來(lái)到祭奠的他們還看到了技藝精湛的冰雕師傅鹽田。鹽田先生為祭奠所設(shè)計(jì)的冰雕旅館卻成為了結(jié)束祭奠的誘因，現(xiàn)任的山口村長(zhǎng)準(zhǔn)備停止祭奠和東都休閑產(chǎn)業(yè)合作，就在大家忙著修理冰雕大門(mén)的晚上村長(zhǎng)死在了冰雕旅館之中，而晚上起來(lái)方便的光彥聲稱看到了村長(zhǎng)的幽靈。

為了趕上先搭上巴士前往滑雪場(chǎng)的少年偵探團(tuán)一行人，柯南和灰原只好請(qǐng)昴先生駕車(chē)前往，途中他們巧遇高木警官，正在和高木警官談話的時(shí)候事件發(fā)生了。趕往現(xiàn)場(chǎng)后他們看到了從公寓高樓墜落的遺體，案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)附近發(fā)現(xiàn)又三人認(rèn)識(shí)墜落的男子，在搜查之后啤酒的泡沫、咖啡的熱氣和未燃完的香煙成為了三人不在場(chǎng)證明的證據(jù)。

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見(jiàn)了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見(jiàn)了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過(guò)來(lái)時(shí)身邊的伙伴們都消失不見(jiàn)，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說(shuō)的話語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

委托小五郎調(diào)查男友柘植是否有外遇的笹森小姐不幸從石階上墜亡，三個(gè)月后小五郎又接到了柘植的電話，他表示會(huì)公開(kāi)殺害笹森小姐的兇手。除了小五郎之外，在葬禮上吵成一團(tuán)的三人也都被叫到了現(xiàn)場(chǎng)，但當(dāng)他們一起進(jìn)入房間后卻發(fā)現(xiàn)柘植先生已經(jīng)被人殺害，而殺害柘植先生的兇手必定也與笹森小姐的事件有所關(guān)聯(lián)，而兇手就在受邀前來(lái)的三人里面。

警方將嫌疑人鎖定在三個(gè)人身上，考慮到兇手很可能是關(guān)西人，服部要求親自對(duì)他們進(jìn)行偵訊，這些人分別是須貝、甘粕和東條，他們都聲稱自己是地道東京人，并且偵訊期間并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)什么異常，之后，在旁吃飯的小蘭等人提供了一些線索，這讓柯南茅塞頓開(kāi)，原來(lái)兇手就是那個(gè)人！他讓餐廳為這三個(gè)嫌疑人分別準(zhǔn)備一碗味增湯，并說(shuō)只要喝下就能真相大白。