柯南隨小五郎送園子和小蘭到山里的別墅，參加在網(wǎng)上認(rèn)識的魔術(shù)愛好者見面會，在回家途中，柯南從收音機中聽到魔術(shù)愛好者的西山務(wù)在家被殺，而且還留下殺人將繼續(xù)的留言，之后小五郎和柯南急忙趕回去卻看到與山外唯一連接的橋正在燃燒，身患發(fā)燒的柯南沖入大火一個人到達(dá)別墅，很快第二個受害者濱野的尸體在雪地中被發(fā)現(xiàn)， 但周圍卻一個腳印都沒有。

小蘭為了讓她父母親之間的感情有機會復(fù)合，便策劃了一場海灘之旅，大家在這里認(rèn)識了幾名大學(xué)生，但其中一個叫貴和子的女生在潛水的時候被海蛇咬到而有生命危險，之后，小蘭回想起自己看到的海蛇身上有兩個小翅膀一樣的東西，然而這個看似意外的事件，其實是有人蓄意操作。

少年偵探團從事務(wù)所的答錄機上聽到天氣播報員淺野亞紀(jì)的留言，便私自決定代替小五郎去處理事件，來到電視臺后，亞紀(jì)熱情招待大家，還記下了柯南的call機的號碼，期間，亞紀(jì)接到了一通電話匆匆離去。在等待的過程中，柯南的call機收到了亞紀(jì)發(fā)來的留言，根據(jù)這些陸續(xù)發(fā)來的數(shù)字，大家推斷出亞紀(jì)一定是遇到了危險，經(jīng)過反復(fù)推敲和琢磨，柯南終于明白了其中的含義，并按照這個訊息找到了被綁架的亞紀(jì)。

少年偵探隊為準(zhǔn)備兒童大會要表演的布偶戲，隨一個叫海部大學(xué)生去霧之丘高原進行特訓(xùn)，可是當(dāng)晚柯南發(fā)現(xiàn)同他們一起來的小朋友和相應(yīng)的布偶都不見了，就在柯南和光彥去二樓進行調(diào)查的時候，元太和步美也突然失去了蹤影，因為電話線被不明人士割斷，兩人跑到離這里最近的另一家民宿，卻看到……

收到市川產(chǎn)業(yè)的會長的委托而且參加了在會長家開的party的小五郎他們，為了確定公司的繼承人調(diào)查了會長的女兒們。在柯南跟蹤一重小姐時卻不慎被人暈倒，當(dāng)他起來趕往會場的時候市川卻因為突發(fā)心臟病倒地身亡。但市川真的是因為突發(fā)心臟病死亡卻引發(fā)了市川的女兒們的爭論。而從包里搜出的注射器的一重也成為了頭號嫌疑犯。但在柯南推理下最終發(fā)現(xiàn)了真兇的身份。