從火災(zāi)現(xiàn)場(chǎng)逃出來的柯南等人看到的是跪坐在地上的初穗，想要?dú)⒑︷^長(zhǎng)的三人卻反被殺害，而初穗承認(rèn)自己失手將想要對(duì)館長(zhǎng)下手的姐姐殺死，看到現(xiàn)場(chǎng)遺留的物品后柯南有了線索，這并不是一起單純的正當(dāng)防衛(wèi)，在這個(gè)事件的背后還隱藏著不為人知的真相，隱藏在能面背后的真正兇手到底是誰(shuí)？

經(jīng)過不斷的調(diào)查，柯南和平次終于知道了這起事件的始末，而小光這時(shí)又收到了來自洋房主人的簡(jiǎn)訊。假冒小光的合葉在小蘭的幫助下一同打倒了埋伏在南蠻房間里的兇手，敗露了行動(dòng)的兇手趁著昏暗的光線從暗道逃跑，被卡在暗道出口的他遇到的是平次和柯南，而兇手在燈光下顯現(xiàn)出來的臉是……

與這起密室殺人事件有關(guān)的三人都被問話，柯南對(duì)這起在自己身旁發(fā)生的殺人事件已經(jīng)有了眉目，但在波本面前他沒有辦法利用麻醉槍。無法讓小五郎沉睡的柯南只能將大家向案件的真相誘導(dǎo)，而在這場(chǎng)推理中解密的正是波本，案件雖然順利解決，但案件的背后又是一個(gè)悲傷的故事。

現(xiàn)場(chǎng)的鄰居是前男友（前篇）

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過來時(shí)身邊的伙伴們都消失不見，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。