工藤收到屋田誠人的信，信上說他一年前辦的案子有差錯讓他重新調(diào)查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他們一起前往那個村莊。柯南只身來到了信上所說的地址，不想被關(guān)進了小木屋，就在這時，他因為誤食解藥的身體開始發(fā)生變化，逃脫期間掉進了旁邊的湖里，被人發(fā)現(xiàn)時他已經(jīng)失去記憶。為了讓他想起過去，服部一行帶著新一來到了當(dāng)時的案發(fā)現(xiàn)場日源村長家，并在這里碰見了記者河內(nèi)深里以及屋田誠人的同學(xué)水川萌生。

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯(lián)系，而在此之前小蘭從他那里聽說，他好像在杯戶中央醫(yī)院找姐姐的時候發(fā)現(xiàn)了關(guān)于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報人員，隨后，柯南一行人趕到醫(yī)院向護士詢問英祐的事情，沒想到竟然還有另一個人像英祐一樣在這家醫(yī)院打聽水無憐奈的事情。

柯南等人和阿笠博士一起來雪山玩，元太堆雪人的時候，結(jié)識了正在為美術(shù)大學(xué)做畢業(yè)展作品的四名大學(xué)生，可沒過多久其中一名叫小倉朔子的女生竟然不見了身影，于是，大家在茫茫風(fēng)雪中分頭尋找，卻意外的發(fā)現(xiàn)朔子竟然死在滑雪場懸崖下的池塘里，警察也立刻趕來介入調(diào)查，并分別對死者的其他三名朋友進行偵訊，但沒有發(fā)現(xiàn)任何可疑之處。

在FBI制定作戰(zhàn)計劃的同時黑暗組織就已經(jīng)展開了行動，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測敵人的意圖時，杯戶中央醫(yī)院突然涌來大波病患，這無疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫(yī)院陸續(xù)出現(xiàn)送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫(yī)院爆炸，后果不堪設(shè)想，柯南和赤井秀一又會采取什么行動？

為搜集線索，警方?jīng)Q定去死者摔下來的懸崖一探究竟，然而除了雪人什么也沒有，突然刮起一陣大風(fēng)，元太為拿回被風(fēng)吹走的手套跌倒在雪地上，他說自己聞到了一股咸咸的味道，這無疑給柯南提供了一條重要的線索。就在警察要以意外事件了解此案時，阿笠博士叫所有人來到堆放雪人的地方，柯南將警察山村麻醉，躲在雪人身后將兇手使用的手法一一道來。