小五郎帶著小蘭和柯南來到“黃昏別館”，途中還偶遇了同是偵探的千間降代，當(dāng)他們到達(dá)之后才發(fā)現(xiàn)，此次受邀前來的茂木遙史、大上祝善、槍田郁美和白馬探都是名偵探，而在這棟別墅內(nèi)隨處可見陳年的血跡。在晚宴上，本以為能一睹這位別墅主人尊容的各位偵探卻掃興的發(fā)現(xiàn)，他居然頭戴面罩，并且還阻斷了所有道路，要求偵探們在這棟孤立無援的別墅內(nèi)幫他尋找寶藏。

死者是奈緒子，柯南和服部在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了魚鱗和腳印，然而腳印的方向卻通向大海，只靠這些零星的線索，根本無法抓到兇手。這時(shí)，君惠說她有今年祭典購買號碼牌的名冊，于是柯南一行人前往神社，悲劇再次發(fā)生，君惠為找名冊死在倉庫的大火之中。之后，柯南和服部分頭行動(dòng)，服部發(fā)現(xiàn)了新的線索，正巧此時(shí)柯南打來電話，他到底推理出了怎樣的真相而讓服部吃驚不已？上山找門脅時(shí)，和葉為救服部墜落懸崖，她能否化險(xiǎn)為夷？

柯南他們接受了委托，決定去解開似乎與穿紅色夾克衫的自殺者有關(guān)聯(lián)的公文包之謎，在去葵屋旅館的途中，遇見了山村刑警于是一起前往。小五郎等人到達(dá)旅館后，卻聽說已經(jīng)有個(gè)自稱“毛利小五郎”的人先到了旅館，不久之后卻發(fā)現(xiàn)假冒的小五郎在自己的屋子里上吊死亡了。而在死者的隨身物品中有一份過期的報(bào)紙和夾在其中的頭發(fā)，在柯南的提示下小五郎解開頭發(fā)的秘密慢慢接近真相。

柯南在調(diào)查橘律師釣魚的小船之后發(fā)現(xiàn)可疑的痕跡和莫名遺失的船錨。之后衫村小姐說出熊田達(dá)也事情的真相。在看到約翰的狗屋的牌子之后柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向眾人闡述了兇手利用潮水漲落的犯罪手法和殺害熊田達(dá)也的發(fā)法。而兇手也主動(dòng)承認(rèn)了罪行并道出了殺人的理由。

倒在浴室的薰被送到醫(yī)院。因?yàn)檎也坏綒⒑λ龝r(shí)所使用的兇器而被認(rèn)為是外部人所為，柯南從寫著祝福話語的彩色信紙上發(fā)現(xiàn)是內(nèi)部人所為。在獨(dú)自調(diào)查現(xiàn)場的時(shí)候柯南注意到大家送上祝福的祝福版上的不自然并推理出了犯人和犯人的犯罪手法。柯南單獨(dú)面對犯人說出自己的推理，犯人在證據(jù)面前承認(rèn)了自己的罪行，因?yàn)槔⒕沃氨阋呀?jīng)決定自殺的犯人在柯南的救助下活了下來而熏也搶救成功渡過危險(xiǎn)。