在甲板船頭的尸體不是別人，正是讓大家誤認為已經(jīng)死亡的蟹江，之后，柯南又在船的外圍發(fā)現(xiàn)繩索梯子，這說明蟹江一直藏身于此伺機而動，并且柯南還在船頭欄桿上發(fā)現(xiàn)了剝落的油漆和燒焦的痕跡，將所有的線索串聯(lián)起來，兇手漸漸浮出水面，這時，柯南接到一通電話，原本很擔心平次的他卻突然對小蘭調(diào)侃起了服部，服部是否真的平安？這件與二十年前案件相關(guān)的兇案真相到底是什么？

園子和小蘭購物結(jié)束坐公交的時候，有一位自稱是設(shè)樂的老人坐在了小蘭旁邊，他說自己認識小蘭并打算去趟毛利偵探事務(wù)所，聊著聊著小蘭睡著了，醒來的時候老人已經(jīng)離去，可是小蘭卻很擔心老人的安危，執(zhí)意要去公車站找老人，這時，柯南發(fā)現(xiàn)小蘭的包里多了一張磁片，這張機密磁片的內(nèi)容到底是什么？老人又到底去了哪里？

就在警察找不到任何線索想要以自殺結(jié)案時，柯南把在案發(fā)第一現(xiàn)場找到的領(lǐng)帶別針交給警方，這就推翻了自殺的說法，但想要抓到兇手，還需要找到更加有決定性的證據(jù)。這時，柯南注意到了在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)的繩子，他突然想到什么，就跑到旁邊的枯井，一切不出他所料，兇手就是那個人，他再次將小五郎麻醉，揭秘流傳至今的五重塔傳說以及兇手！

找到兇器成了破案的關(guān)鍵，小五郎發(fā)現(xiàn)抽屜里的冰鎬少了一根，加之對大家物品的檢查認定矢代就是兇手，可是柯南卻發(fā)現(xiàn)消失的冰鎬被用來固定植物了，繼而小五郎又認定上森的兒媳熏兇手，熏指出這里的每個人都有殺人動機并否定自己是兇手，到底誰是兇手呢？這時，柯南從目暮警官和小五郎的談話中得到啟示，找到兇器之后，沒錯，兇手就是那個人！

智明發(fā)現(xiàn)自己外婆的腳受了傷，因為警察要對陽子進行偵訊，所以小蘭就主動提出幫助智明，自從小蘭見到智明就總是一副很中意的樣子，不是黑暗中緊抱智明的胳膊就是和他拉手，而且在她的臉上總是出現(xiàn)一片緋紅，這些全部讓柯南看在眼里，心里不禁大吃飛醋，難道小蘭變心了嗎？柯南在房間的二樓發(fā)現(xiàn)了碎片，并在房間中發(fā)現(xiàn)了可以解釋小光為何會花費一分鐘的時間去打開總開關(guān)證物，接下來，就是揭穿真相的時間。