警方在將這三個嫌疑人分開偵訊之后，又在死者的包里發現了一把手槍和強盜集團百鬼夜行留下的字條，并從小島權作的秘書那里得知，他舉辦此次活動是為了尋找殺死自己愛犬的同叫小島的強盜頭目，于是柯南利用與死者相同的方法找出兇手，雖然證據被銷毀，但他巧施妙計讓兇手自己主動承認了罪行。

大家二次來到倉庫后發現了在門上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對面的大算盤，這很可能是啟動機關的鑰匙，仔細觀察倉庫之后，柯南發現了其中的蹊蹺，他叫來警察與他一起根據灰塵的多少撥動算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結束后，柯南揪出了那個一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個人正是……

小五郎帶柯南和小蘭去露天浴場泡溫泉的時候，聽到了咔嚓咔嚓的石頭滑落聲，當他們尋聲趕到后，發現不動產社長梅津英章已經沒了呼吸，這起看似意外的事件其實是樁蓄意殺人案，警察對在場的嫌疑人即死者的女兒麻麗、泰子、秘書八木橋以及浴場老板進行偵訊，期間，一條擰干的毛巾從麻麗的包包中掉了出來，小五郎認為這是她為了不留指紋而使用手法，就在他準備揭穿所謂的兇手時，知道真相的柯南將他麻醉揪出了真正的兇手！

殺人案件發生之后，警方立刻調查旅館中所有人的不在場證明，與此同時，小五郎等人分別進入德備、荒巖以及野平的房間，查看他們是否有能夠運送液體的容器，期間，身為畫家的德備提議把小蘭所看的到的河童畫下來，就在大伙聚在德備房內研究河童時，柯南發現了關鍵線索，他將大談外星人理論的山村警官麻醉，說出了事情的真相，至于小蘭看到的河童，那不過是……

福爾摩斯啟示錄(0 is start)到了搶七局的關鍵時刻，米奈芭打出了關鍵的一球，通過最后一球的拉鋸戰柯南不斷觀察犯人的位置。拉鋸戰之后米奈芭失掉了最后一球就在這時她提出了異議，通過慢鏡頭的回放最終取得了這一局的勝利，而柯南也通過拉鋸戰找到了犯人所在的位置。在父母的幫助下柯南順利的進入賽場。就在柯南要制止罪犯之時卻被人認了出來，最終米奈芭和柯南聯手組織了罪犯。