目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺得此事另有蹊蹺，便獨(dú)自上路尋找柯南。另一方面伊勢(shì)原在柯南的幫助下成功脫險(xiǎn)，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計(jì)和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動(dòng)圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點(diǎn)時(shí)，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點(diǎn)……

通過與世良的接觸，柯南回憶起與世良初次相遇的情形。十年前，秀一從美國(guó)回到日本，與家人一起在海灘游玩，恰好偶遇了年幼的新一和小蘭。沉迷偵探游戲的新一引起了秀一的興趣，正當(dāng)二人交談甚歡時(shí)，突然有一輛車從沿海公路上沖破護(hù)欄墜入深海。秀一馬上潛入海中實(shí)施救援，卻發(fā)現(xiàn)駕駛員已當(dāng)場(chǎng)死亡。根據(jù)秀一的推斷，案發(fā)前車上應(yīng)該還有死者的同伴，而死者的身份也是疑點(diǎn)重重……

夜晚園子心血來潮帶著小蘭和柯南來公園里觀賞銀河，不料卻在花壇里發(fā)現(xiàn)了一起行兇案。園子透過望遠(yuǎn)鏡看到了一雙女子的手，她手上的戒指正在被兇手摘下，園子過于震驚沒有看到兇手的長(zhǎng)相。之后園子大概確定了行兇案的方向，帶著小蘭和柯南組成女高中生偵探團(tuán)去破解這樁行兇案。

毛利小五郎收到一封落款人名為倉田屋駒吉的信件，此人號(hào)稱要把傳家寶送給他，于是小五郎便與柯南和小蘭一同前往約定地點(diǎn)山口縣。來到山口縣的三人偶遇了記者夏目明日香，小五郎謊稱三人是來此地度假的，明日香便主動(dòng)請(qǐng)求為三人當(dāng)導(dǎo)游。然而在旅行中，小五郎不慎說漏嘴透露出此行目的，卻因此遭到了警察的逮捕。原來名為倉田屋駒吉之人竟是一名搶劫犯，而所謂的傳家寶則是搶來的貴重贓物……

一直被大家遺忘在家中的狗引起了柯南與平次的注意，二人很快就洞察了這一系列殺人事件的作案手段。平次委托村長(zhǎng)告訴眾人他已經(jīng)得知了鵺的真面目，并在庭院內(nèi)為眾人重新演示了一遍案發(fā)當(dāng)日的情形。在二人的推理下真相終于浮出水面，兇手成功被警方抓獲。當(dāng)案件塵埃落定后，平次終于鼓起勇氣準(zhǔn)備向和葉告白……