阿笠博士以少年偵探團(tuán)為對(duì)象進(jìn)行了一場(chǎng)尋寶之旅，舞臺(tái)就是阿笠博士的叔叔住的一個(gè)別墅，但在他叔叔過(guò)世的50年來(lái)，這棟本不該有人進(jìn)出的別墅卻發(fā)現(xiàn)有人來(lái)過(guò)的痕跡，他們還找到了一系列由月亮、星星和太陽(yáng)組成的古怪暗號(hào)，連博士事先藏好的玩具也被人用刀劃壞，這幢別墅一定暗藏玄機(jī)。

對(duì)暗號(hào)進(jìn)行仔細(xì)研究后，柯南將其破解，順著暗號(hào)的指引，他們找到了暖爐下新的圖案，只是這個(gè)暗號(hào)指向了盤(pán)子，一切又回到了原點(diǎn)，柯南百思不得其解，之后，他注意到這些帶有暗號(hào)物品的擺設(shè)位置，將他們連成一線，沒(méi)錯(cuò)，機(jī)關(guān)就是天花板上的吊燈，將吊燈旋轉(zhuǎn)后，二樓的密室被打開(kāi)，然而這個(gè)閣樓上居然有一堆白骨！

少年偵探團(tuán)從事務(wù)所的答錄機(jī)上聽(tīng)到天氣播報(bào)員淺野亞紀(jì)的留言，便私自決定代替小五郎去處理事件，來(lái)到電視臺(tái)后，亞紀(jì)熱情招待大家，還記下了柯南的call機(jī)的號(hào)碼，期間，亞紀(jì)接到了一通電話匆匆離去。在等待的過(guò)程中，柯南的call機(jī)收到了亞紀(jì)發(fā)來(lái)的留言，根據(jù)這些陸續(xù)發(fā)來(lái)的數(shù)字，大家推斷出亞紀(jì)一定是遇到了危險(xiǎn)，經(jīng)過(guò)反復(fù)推敲和琢磨，柯南終于明白了其中的含義，并按照這個(gè)訊息找到了被綁架的亞紀(jì)。

光彥說(shuō)他看到友里百合子在廁所前拼命擦眼淚，這雖然讓大家大吃一驚，但是百合子說(shuō)自己只是去廁所調(diào)整隱形眼鏡而已，這說(shuō)法合情合理，可柯南總覺(jué)得還有疑點(diǎn)，之后灰原一句無(wú)意的話語(yǔ)讓柯南終于明白了事情的真相，于是，他急忙的跑去作案現(xiàn)場(chǎng)找到了證據(jù)，正巧阿笠博士也趕來(lái)接他們，柯南就借阿笠博士之口并重演兇手在放映室的殺人手法，將兇手繩之以法。

柯南等人來(lái)到一所蓋有五重塔的鄉(xiāng)間寺廟，因?yàn)檫@里要開(kāi)發(fā)觀光而導(dǎo)致寺方和觀光公司產(chǎn)生了爭(zhēng)執(zhí)，次日，觀光公司的社長(zhǎng)小田英明被人發(fā)現(xiàn)尸體吊在五重塔的尖端，就好像五重塔的傳說(shuō)一樣，凡是破壞寺廟戒律，都會(huì)嘗到惡果。在對(duì)尸體及其周圍調(diào)查后，柯南找到了真正的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)。