少年偵探團(tuán)在海灘度假的時(shí)候，偶然認(rèn)識了春日財(cái)團(tuán)的大少爺和他的女朋友小忍。元太玩球時(shí)撿到了小忍發(fā)出的SOS求救漂流瓶，順著漂流瓶的方向，他們在一個(gè)洞窟找到小忍，原來這都是春日的安排，眼看海水滿潮，無法原路返回，大家在柯南的指揮下順利從洞穴另一邊逃出，看到小忍還活著，春日露出丑惡嘴臉以步美為人質(zhì)，關(guān)鍵時(shí)候小蘭趕來，將春日制服。

毛利蘭在網(wǎng)咖與委托人水谷雪乃視訊，雪乃表示遭到男友久保健介家暴與跟蹤，因?yàn)椴恢耄哉颐∥謇缮塘俊２贿^由於小五郎跑去看偶像演唱會(huì)，所以今天只好由小蘭跟她視訊連線。可是就在兩人連線途中，突然聽到用力敲門的聲音。雖然小蘭一直勸雪乃不要開門，可是雪乃還是受不了去開了門，後來雪乃從畫面中消失，只聽到她的求救尖叫聲。很擔(dān)心的小蘭馬上找新一到雪乃的公寓去，可是在那里卻只看到雪乃的血跡...

阿笠博士帶少年偵探團(tuán)來到野外，并交給他們一張地圖讓他們?nèi)ふ覍毑兀飞侠щy重重，但大家不畏艱險(xiǎn)互相扶持，終于接近終點(diǎn)，柯南解開天之水與天之石的暗語，順利找到了藏有寶物的底下通道，這里有兩大袋珠寶，然而在途中碰到過的兩個(gè)行跡可疑的男人突然出現(xiàn)，柯南采用智斗將他們打到后，又發(fā)現(xiàn)了一個(gè)大木箱，這才是阿笠博士想讓他們找到的寶藏。

少年偵探團(tuán)在兒童跑腿活動(dòng)中，充當(dāng)活動(dòng)記錄。一行人跟在兒童小宏后面攝影，可是小宏總是亂跑，期間還曾跑進(jìn)過，一幢將要拆掉的廢棄大樓里，小宏在躲過了兩次人為制造的意外后，被人擄走，柯南從記錄的中發(fā)現(xiàn)了蛛絲馬跡，他們來到廢棄大樓，并在地下室找到了小宏和一具尸體，這時(shí)，兇手將少年偵探團(tuán)關(guān)到樓中，而外面拆除大樓已經(jīng)開始，少年偵探團(tuán)能否逃過一劫？

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號，按照符號的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？