柯南和小蘭準備食材的時候遇到了舊識西村佐知子，她也正在為自己男朋友的到來而滿心期待的做準備，只是沒想到第二天，佐知子居然被人用銅質裝飾品擊中后腦勺而喪命，警方認為她男朋友殺人的可能性最大，但小蘭卻無論如何都不愿相信這是事實，于是，她在柯南的暗中提醒下展開了調查，在詢問了佐知子同事之后，小蘭得知了一個驚人的秘密！

警察雖然推斷巖夫是自殺，但柯南卻發現了眾多的疑點。而從尸體嘴里流血的事實，燈繩上可疑的繩結和小蘭的敘述中柯南最終推理出了犯人的犯罪手法。但是，就在柯南要揭露兇手的關鍵時刻卻因為感冒不能發聲了！沒有其他辦法，柯南通過不斷的比劃的猜謎來引導眾人來尋找兇手的線索，最終犯人的身份揭曉。而兇手也承認因為妻子的遇害而殺死被害者的事實。

參加網球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內觀光的途中，園子撿到一部手機。手機的畫面上是“想要遇見那個孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機出現在咖啡店。小蘭無意中聽到兩人的危險談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進行調查決心已定要組織這場謀殺！

無法渡海，大家只能暫時待在鎮長家的廢棄別墅里，然而干坐在這里等救援還不如對這棟房子進行一番調查，于是 ，大家就分組行動，柯南和服部等人在一樓的房間里發現了鎮長和他女兒的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然間，二樓傳來慘叫，久米不知為何在看到鎮長女兒的肖像油畫后就變的很反常，這時，救援船趕來，可船上卻只有一具船長的尸體和一行字句，事情變得越來越奇怪了。

白鳥警官的車突然發生爆炸，所幸他并沒有當場死亡而是被立馬送去了醫院，在他的手中，佐藤警官還發現一封和三年前相似風格的挑戰書，為了尋找炸彈，警察在慌亂中展開調查，柯南也從佐藤警官那里得知了，這個爆炸狂與警察的淵源，七年前警察和兩名歹徒產生了誤會，而導致其中一人出車禍死亡，于是這名活下來的歹徒便安放炸彈報復警察。