聽(tīng)到自己將要被分派到鳥(niǎo)取縣警局進(jìn)行聯(lián)合搜查時(shí)，高木警官慌了手腳，然而，佐藤警官得知此事后竟然面不改色，與此同時(shí)，柯南等人在上學(xué)的路上遇到了一個(gè)神色匆匆的人，命案發(fā)生以后，這個(gè)人就成了重要嫌疑人，但讓大家沒(méi)想到的是千葉警官和這個(gè)叫加藤的嫌疑犯居然住在一起，千葉警官作證案發(fā)當(dāng)時(shí)，加藤正與他一起看電視，難道兇手另有其人？

大家找到校長(zhǎng)詢(xún)問(wèn)他下雨的時(shí)候是否出現(xiàn)在操場(chǎng)，沒(méi)想到卻得到了否定的回答，為了證實(shí)校長(zhǎng)的說(shuō)法，柯南又來(lái)找了在保健室休息的世古國(guó)繁，因?yàn)樗c保坂從小一起長(zhǎng)大，所以又了解了更多關(guān)于保坂的事情，這時(shí)，小蘭在走廊的木板上發(fā)現(xiàn)污漬，柯南將這些污漬與操場(chǎng)上出現(xiàn)的刮痕相聯(lián)系，沒(méi)錯(cuò)，制造靈異事件的就是那個(gè)人!

柯南和小蘭遇到了正在辦案的高木警官，對(duì)于命案異常敏感的柯南立刻就進(jìn)入了推理狀態(tài)，死者是工廠社長(zhǎng)北村，他被人用刀刺向了胸口，警方很快就抓捕了嫌疑人南田，雖然案發(fā)當(dāng)天他來(lái)找過(guò)北村，但兇器上并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)他的指紋，更奇怪的是，兇器刺入的角度不符合常理，即便如此，警方認(rèn)定他就是兇手，可是他到底采取了什么犯案手法？

為了做天體觀測(cè)，阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來(lái)到一個(gè)坐落在深山里的旅館，期間結(jié)識(shí)了旅館老板天土，以及應(yīng)邀而來(lái)的野之宮悅子、二川和御上。就在大家準(zhǔn)備上山看星星的時(shí)候，居然發(fā)現(xiàn)了一具已經(jīng)化為白骨的尸體，死者還故意留下了死亡訊息——六根煙頭，當(dāng)晚，二川的尸體被少年偵探隊(duì)發(fā)現(xiàn)，并且他的手中也握著煙頭。

警方對(duì)酒廠的所有人一一進(jìn)行偵訊后，卻并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)時(shí)什么異常，但柯南卻提出了兩個(gè)疑點(diǎn)，即兇手為什么要把尸體搬走，又為什么在兩天之后暗中告訴警方尸體的位置。為了思考這兩個(gè)問(wèn)題，柯南想破了腦袋，直到他從換班休息的酒廠老員工哲田那里得知了以前的事情，隨后他冒充小五郎打電話給警方，讓他們調(diào)查一件事情，結(jié)果正好證實(shí)了他的想法，兇手一定就是那個(gè)人！