學(xué)校里最近發(fā)生了很多詭異的事情，而且教導(dǎo)主任在沒(méi)請(qǐng)假的情況下也消失了好幾天，當(dāng)柯南向老師和校長(zhǎng)問(wèn)及此事時(shí)，大家也都避而不語(yǔ)，為調(diào)查真相少年偵探團(tuán)夜探帝丹小學(xué)，附有學(xué)生名字的娃娃，移動(dòng)的人體模型，窗戶后面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級(jí)里突然出現(xiàn)的十幾個(gè)黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個(gè)。

某天，柯南發(fā)現(xiàn)有人正在搶劫運(yùn)鈔車(chē)，雖然奮力追趕，但還是讓搶匪驅(qū)車(chē)逃跑，之后，警方發(fā)現(xiàn)搶匪的車(chē)并認(rèn)定這是一起單純地?fù)尳偈录？墒虑椴⑽淳痛私Y(jié)束，參與搶劫的兩名搶匪被殺，并在兇案現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了銀行職員廣田亞美的口紅，雖然亞美嫌疑最大但案件還有許多疑點(diǎn)，這時(shí)，柯南意識(shí)到她有危險(xiǎn)，用發(fā)信器追蹤到達(dá)后亞美已死，而這件事的幕后黑手居然是……

柯南向大家分析兇手是有目的的要?dú)⒛硞€(gè)人，這時(shí)，警察說(shuō)他們?cè)谀静衲抢镎业搅艘缓写艓Ш桶杏暌碌膬雌鳎?tīng)過(guò)磁帶之后，柯南揭穿了想要?dú)⑺懒x房的兇手敬子，但當(dāng)問(wèn)及真知子的死亡時(shí)，敬子卻矢口否認(rèn)，柯南說(shuō)兇手確實(shí)不是敬子而是另有其人，還沒(méi)待他講完案件，那個(gè)鬼鬼祟祟的墨鏡男出現(xiàn)了，他居然是……

柯南等人受邀參加假面超人影迷俱樂(lè)部的派對(duì)，派對(duì)還沒(méi)開(kāi)始多久，突然沖出一名叫三島的男子將假扮成突擊警察的本田先生射殺，繼而自己又舉槍自盡。所幸的是本田穿了件防彈衣，只是輕微受傷，并無(wú)生命危險(xiǎn)。眼見(jiàn)不一定為實(shí)，在大家都以為三島是自殺的時(shí)候，柯南察覺(jué)到這其實(shí)是件蓄意謀殺案。

在插花藝術(shù)家岡野利香的個(gè)人紀(jì)念發(fā)表會(huì)上，酒店的經(jīng)理白木突然離奇死亡，柯南注意到白木胸前的花，在偷偷潛入岡野利香的房間后，成功找到氟化氯和氫酸硅化物，看來(lái)兇手還要繼續(xù)殺人，當(dāng)柯南看到舞臺(tái)岡野利香用以表演的花朵時(shí)，便急忙阻止它們綻放，因?yàn)榘啄舅劳龅拿孛芫筒卦谶@些花朵之中。