警察在調(diào)查玲治、拓人、晴華的時(shí)候，柯南發(fā)現(xiàn)野營(yíng)車的敞篷車頂黏著血跡，之后柯南在現(xiàn)場(chǎng)附近找到了帶血的塑料布，雖然查明殺人的詭計(jì)卻沒有辦法確定犯人是誰。而在觀察三名嫌疑人之后柯南最終確定了犯人。而在確鑿的證據(jù)面前，兇手最終承認(rèn)了罪行，并道出了因?yàn)椴粷M以金錢玷污了友情的泰美而最終殺害她的事實(shí)。

柯南和阿笠博士從板倉的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉的別墅，企圖找到板倉所開發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時(shí)間內(nèi)沒有打開，郵件將自動(dòng)刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時(shí)，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對(duì)？

雖然他們四人都有不在場(chǎng)的證明，但警方和小五郎仍然對(duì)他們保持懷疑態(tài)度，并前去他們當(dāng)時(shí)所在的唐戶市場(chǎng)、唐戶棧橋和海響?zhàn)^逐一進(jìn)行確認(rèn)，就在小五郎自認(rèn)為推理出整個(gè)案件時(shí)，野島榮子卻跑去警局自首，她將自己殺人的過程和動(dòng)機(jī)一五一十的坦白，隨后她的三位朋友趕到，為了友情他們又曾有何行動(dòng)？真正殺死真尾的人真的是野島榮子嗎？

平松正樹刺殺了社長(zhǎng)梅谷四朗，在乘車逃走的中途墜下懸崖死亡。警方判斷為事故，柯南卻確信此為殺人事件。看到梅谷被平松刺殺時(shí)的錄像帶后的柯南發(fā)覺了某種奇妙的違和感，在調(diào)查停車場(chǎng)后發(fā)現(xiàn)了一些奇怪的痕跡后解明了事件真相。在“沉睡的小五郎”的推理中犯人最終承認(rèn)了罪行。

無法渡海，大家只能暫時(shí)待在鎮(zhèn)長(zhǎng)家的廢棄別墅里，然而干坐在這里等救援還不如對(duì)這棟房子進(jìn)行一番調(diào)查，于是 ，大家就分組行動(dòng)，柯南和服部等人在一樓的房間里發(fā)現(xiàn)了鎮(zhèn)長(zhǎng)和他女兒的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然間，二樓傳來慘叫，久米不知為何在看到鎮(zhèn)長(zhǎng)女兒的肖像油畫后就變的很反常，這時(shí)，救援船趕來，可船上卻只有一具船長(zhǎng)的尸體和一行字句，事情變得越來越奇怪了。