在放學(xué)回家的路上，柯南、步美等人碰到了進出珠寶店的高木警官，便一起跟了進去，想不到在這里碰上了珠寶搶匪，于是，高木警官帶著柯南等人展開了追捕，可追到屋頂時，搶匪竟然毫不猶豫的跳了下去，摔在了樓下的搬家貨車上而身亡。巧合的是這輛貨車的雇主貓?zhí)镎撬勒吆蟠宓睦习澹履细鶕?jù)搬家公司員工的說法以及目擊者提供的零星線索斷定這是一起謀殺案件。

少年偵探隊按照暗號分別找到了剩下的兩個時光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來過而且最后一個發(fā)現(xiàn)的時光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

這天小五郎回到事務(wù)所后小蘭告訴他說說英理前來拜托希望在她出門的這段時間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍貓寄養(yǎng)在事務(wù)所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學(xué)了。在她走后，有一個自稱為桐下的男人來到了事務(wù)所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發(fā)來的手機短信。因為短信的內(nèi)容像是什么暗號，桐下無法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發(fā)現(xiàn)了暗號的意義。

小五郎要去參加米花街業(yè)余文藝會演，于是便與柯南，目暮警官和街道主管上島長郎一同前往會場。途中，小五郎等人順路去了目黑美彌開的飯館。大會結(jié)束后，只剩下了有人找的市松留了下來。小五郎，上島等人則去咖啡館“meruhenn”繼續(xù)第二攤。不久后目暮警官卻接到電話報告說市松被刺！最終在柯南的推理下終于揭開了事件的真相。

園子拉著小蘭和柯南去蛋糕博物館吃半價蛋糕，在這里每個師傅都有自己的廚房，參加比賽百戰(zhàn)百勝的前田、蛋糕王子藤野以及糖果魔術(shù)師森本都忙著為客人準(zhǔn)備甜點，期間，柯南還在藤野那里嘗試了做木頭蛋糕，就在藤野修飾好蛋糕拿給柯南吃的時候，店里卻發(fā)生了兇案，死者是蛋糕店長橋垣，而嫌疑最大的就是這三個蛋糕師傅，但警方卻苦于找不到兇器，隨后柯南對每個人的廚房進行調(diào)查卻發(fā)現(xiàn)……