園子的叔叔次郎吉因為抓不到基德而整日噩夢纏身，于是，他再次策劃了基德抓捕計劃，這次他以寶石涼鞋“紫色指甲”為誘餌，并將展示臺設在基德不能使用滑翔翼的銀座正中央地面上，在粉絲們的期待下基德出現并成功拿到寶石，就在這時，四個路口被巨大的網子隔開，猶如籠中鳥的基德從容不迫，放出煙霧后瞬間移動到了30公尺高的大樓，因為其中一顆寶石是贗品，于是他宣布自己次日還會再來。

柯南在和大家一起吃壽司的時候將小五郎麻醉，當面戳穿了前來領獎的兩名冒牌貨，幫胡桃找到了記憶中的少年。雖然這件事情成功解決，但是十五年前的連續殺人案卻依舊找不到眉目，案件將在三天后失效，可目前追查兇手的線索卻只有有兩條。在柯南一行人去步美家玩的時候，灰原說自己在這棟公寓里遇見了一個穿著大衣吹著口哨的男人，難道十五年前的殺人兇手出現了？

555 鸛的探索之旅（追蹤陽菜篇）日文名字：こうのとりミステリーツアー（陽菜追跡編）對應漫畫：動畫原創收視率：10.9%播映時間：2009年11月14日簡介：住院的陽菜逃出醫院后乘上出租車。平次一邊聯絡在旅館的柯南，同時坐上出租車追蹤陽菜。和葉，少年偵探團，哀也乘坐其他的出租車緊隨其后。柯南推理認為陽菜把“彩虹之子”藏匿在某處，并猜測她正往那邊趕去。被關在車后備箱內的小蘭用BD徽章聯絡元太等人。柯南依靠徽章傳來的聲音推測小蘭所在的位置，然而…。

柯南和灰原把撿到的貓還給飼主石上時，對面的高利貸事務所發生了命案，死者正是事務所的老板，他的后腦勺因遭到招財貓的重擊而死，柯南發現吸塵器的集塵袋被人拿走，并且還在沙發下找到了招財貓的爪子，警方將出現在現場的村井千佳小姐帶來，一番詢問，村井承認了自己的罪行，就在警察準備帶走犯人時，柯南將小五郎麻醉道出了這件命案的真兇！

在FBI制定作戰計劃的同時黑暗組織就已經展開了行動，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測敵人的意圖時，杯戶中央醫院突然涌來大波病患，這無疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫院陸續出現送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫院爆炸，后果不堪設想，柯南和赤井秀一又會采取什么行動？