警方看到落地窗的鎖上有血跡，并在玻璃碎片上了發(fā)現(xiàn)了一個(gè)小洞，柯南和平次作出大膽推測(cè)，期間，柯南因看到遠(yuǎn)處樹上掛著的不明物體差點(diǎn)墜落陽(yáng)臺(tái)，而當(dāng)時(shí)在旁邊的菊人卻因?yàn)閼指甙Y，沒(méi)有伸出援手，所幸有驚無(wú)險(xiǎn)。在樹上找到兇器之后，兩人將所有的線索串聯(lián)起來(lái)，沒(méi)錯(cuò)，兇手就是那個(gè)人！他們將所有人都叫到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，說(shuō)櫻庭就是兇手，可事實(shí)真是如此嗎？

某天，小說(shuō)家任太朗的女兒香保里來(lái)到小五郎的事務(wù)所，拜托他找兩個(gè)月前留下紙條就突然失蹤的父母，可奇怪的是任太朗每個(gè)星期連載的小說(shuō)卻會(huì)按時(shí)傳真到出版社，于是，柯南一行人趕到出版社，看到任太朗的原稿后，大家找到了幾點(diǎn)難以理解的部分，然而這些就是拯救任太朗的主要線索，柯南從小說(shuō)中讀出了任太朗留下的消息，但歹徒的目的到底是什么？

前往洋子演唱會(huì)的途中，小五郎弄丟了門票，這時(shí)，碰巧遇到了一個(gè)叫青島全代的小姐，她表示如果能接她妹妹聽演唱會(huì)，就愿意把多余的門票讓給小五郎。當(dāng)大伙兒到全代的家時(shí)發(fā)現(xiàn)她的妹妹美菜在一個(gè)密閉的浴室中狀似自殺死亡多時(shí)，這個(gè)浴室的門窗縫隙全部從內(nèi)部用膠帶貼住，經(jīng)過(guò)鑒識(shí)膠帶上只有美菜一個(gè)人的指紋，雖然警方認(rèn)為這是自殺案件，但種種疑點(diǎn)表明這絕對(duì)是謀殺。

柯南，小蘭和小五郎一行三人搭乘開往北海道的特快列車北斗星三號(hào)，在通過(guò)隧道的時(shí)候珠寶商人出云被人槍殺，兇手將車窗射穿跳出車外逃跑，之后警方又在隧道之中發(fā)現(xiàn)了疑似歹徒的男人，這宗命案的過(guò)程簡(jiǎn)直跟柯南的爸爸工藤優(yōu)作一篇未發(fā)表的推理小說(shuō)一模一樣，期間一個(gè)言行奇怪的女人引起的柯南的注意，在柯南揭穿她的謊言后，她終于暴露了身份。

貴和子的未婚夫雅彥打來(lái)電話希望朋友們可以把保險(xiǎn)證送到醫(yī)院，于是，一群人便驅(qū)車趕往醫(yī)院，途中柯南從小蘭和她媽媽妃英理的談話中得到啟示，趕到醫(yī)院時(shí)貴和子還沒(méi)有脫離危險(xiǎn)，柯南麻醉小五郎后，讓大家來(lái)到院長(zhǎng)室將整個(gè)案件的來(lái)龍去脈詳細(xì)分析，并找出了蓄意謀害貴和子的兇手。