FBI的所有警員立刻將送至各個病房的炸彈進行回收，就在這時，水無憐奈出現(xiàn)在電視上，為一探究竟，所有搜查員都聚集到水無憐奈的病房，卻發(fā)現(xiàn)她好好的躺在那里，而這其實才是黑暗組織的目的，他們在炸彈上還安裝了發(fā)訊器，這樣一來水無憐奈的位置一目了然。既然已經(jīng)暴露，那就只能立刻將她轉(zhuǎn)移，為混淆視聽，F(xiàn)BI派出了三輛車，但即便如此今恩還是做出了判斷。

柯南認為這并非單純的自殺事件，期間一定存在兇手X，于是他匆忙跑去調(diào)查，與此同時，原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察覺到了蛛絲馬跡，當他趕到與浦生良造初次見面的餐館時碰巧遇見了柯南，兩人一起尋找線索，雖然關(guān)鍵性的證據(jù)被暗中襲來的兇手搶走，但小五郎還是知道了兇手是誰，面對真相與友誼，身為偵探的小五郎該做何選擇？

柯南他們很快就找到了被害者們常去的麻將館，并從老板那里得知，曾有一個叫鬼保獨郎的人與平棟堂次發(fā)生過沖突，抓到嫌疑犯后，高木警官便前去找曾聽到兇手聲音的鍋井永貴做指認，沒想剛進門就被人打昏。另一邊，柯南因為步美一句玩笑話，突然想通了Z的含義并說兇案早在十五年前就結(jié)束了，此次兇案的發(fā)生不過是模仿犯所為而兇手就在被害者的家屬之中。

柯南、少年偵探團、哀、阿笠博士來到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時，村長的兒子中嶺和助手垂水乘坐運送螢火蟲的貨車到達。垂水打開貨車上的箱子，螢火蟲便成群結(jié)隊的飛了出來。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時，助手垂水接到一通中嶺打來的電話，說中嶺在烏帽巖，救命?？履系热说竭_時，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲。。。

新一、小蘭和阿笠博士依照暗號的指示一路來到了米花辦事處，并在樓頂找到了最后一個暗號，這個寫有s→w的暗號到底是何含義？阿笠博士說這或許代表方向，而此時出現(xiàn)在西南方的竟是泛紅的夕陽，新一認為這都是爸爸想讓自己看到落日才出的暗號。講完這個十年前的故事后，柯南突然發(fā)覺有哪里不對，便重新將這個事件重新梳理，驚奇發(fā)現(xiàn)這個謎題其實是……