柯南用變聲領結將其中一名搶匪引到廁所并和大家一起將他制服，根據茱蒂老師提供的線索即搶匪注重時間以及讓認識的人互相捆綁這兩點，柯南推斷出了搶匪的目的以及他們的逃跑計劃，于是，少年偵探團在柯南的指揮下相互配合，爭分奪秒的把即將爆炸的炸彈送進電梯里，之后，柯南又將計就計把混在人質中剩下的三名人質揪了出來，本以為一切就此結束，沒想到……

為了消除基德偽裝成他人的可能，少年偵探團分別承擔起了看守四個臺座的重任，就在這時，屋內突然停電，只能聽見電流嗞嗞的聲音以及窗外吹進的風的呼呼聲，屋內很快恢復了光亮，但大家發現在這短短的一分鐘內，基德不動聲響的將柯南電暈打開中間的立柱盜走了麒麟角，灰原發現這四個臺座分別代表了四神獸，這或許與三水吉右衛門刻在柱子上的話相關，在沒有柯南的幫助下，少年偵探團能否找到被盜的麒麟角？

阿笠博士的金龜車在半路拋錨，導致他和灰原只能在路邊等便車，碰巧這時來了一輛前往東京的車子，車主是一對古怪的情侶，并且灰原還在車內發現了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽到這對情侶說要找到柯南把他弄個半死之類的話，驚恐的灰原趁機打電話向柯南求救，沒想到一直按照柯南指示的她竟然被這對情侶抓個正著，這兩個人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？

就在萬由美好不容易找到自己的身份的時候卻突然逃走了，而她遺失的紙條上寫著“要知道真相就一個人來”的信息！而就在柯南追過來之后發現險遭毒手的萬由美。在眾人調查神社時得知萬由美之前曾來過這里。晚上萬由美又再次的險遭綁架，但凡人卻留下了一份借條，借此柯南推斷出了犯人的身份，而所謂的好友的身份也最終暴露出來。

這天是米花大學的校慶，小五郎作為畢業嘉賓帶著柯南，小蘭和園子前來參加。這是米花大學學生辻榮尊座邀請小蘭來幫忙看看僵尸表演是否到位。之后柯南，小蘭和園子在尊座和貴士的帶領下參觀了他們設計的絕叫病棟，就在被他們精湛的設計和表演嚇到的同時發現成員之一安菜沒有按計劃起身嚇人，走進之后發現安菜已經中毒身亡！隨著調查的深入，一個月之前橋口中毒身亡的事情也逐漸浮出水面。