正在和立野巡警交談的柯南等人看到了精神恍惚的貴和子小姐，前去詢問(wèn)時(shí)才得知她要拜訪的大岡先生死在了家中，今天前來(lái)拜訪的貴和子小姐和久榮先生都是被大岡勒索的人，用勒索得來(lái)的錢財(cái)用來(lái)du博的大岡讓兩人非常痛恨，但他們卻說(shuō)自己并沒(méi)有殺死大剛先生，案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)醒目的縮寫字母K，這個(gè)令人疑惑的死前訊息成了破案的關(guān)鍵。

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見(jiàn)了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見(jiàn)了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過(guò)來(lái)時(shí)身邊的伙伴們都消失不見(jiàn)，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說(shuō)的話語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

正在進(jìn)行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車到達(dá)名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來(lái)，在他們四處尋找線索的時(shí)候灰原卻忍受著內(nèi)心的煎熬。內(nèi)心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經(jīng)更近一步接近灰原，她絕對(duì)不能以這種摸樣被人殺害。

警方將嫌疑人鎖定在三個(gè)人身上，考慮到兇手很可能是關(guān)西人，服部要求親自對(duì)他們進(jìn)行偵訊，這些人分別是須貝、甘粕和東條，他們都聲稱自己是地道東京人，并且偵訊期間并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)什么異常，之后，在旁吃飯的小蘭等人提供了一些線索，這讓柯南茅塞頓開(kāi)，原來(lái)兇手就是那個(gè)人！他讓餐廳為這三個(gè)嫌疑人分別準(zhǔn)備一碗味增湯，并說(shuō)只要喝下就能真相大白。

與服部一起來(lái)到東京的和葉在家庭餐廳買真空包裝咖喱時(shí)遇到了殺人事件，世良真純提議讓西部偵探代表服部與工藤借此機(jī)會(huì)進(jìn)行一場(chǎng)推理對(duì)決。趕到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)之后，柯南、服部等人見(jiàn)到了第一個(gè)發(fā)現(xiàn)死者的卡梅隆警官，目前死者的身份無(wú)法確定，唯一的線索就卡梅隆曾聽(tīng)到過(guò)的死者疑似自殺的話，得知死者帶有關(guān)西口音后，服部推斷出兇手就在這家餐廳。