九十九七惠通過妃英理的介紹來到毛利偵探事務所，她拜托小五郎幫她重新調查丈夫著名魔術師九十九元康的死因，一行人來到九十九家中，見到了元康的三個學生真田一三 、三好麻子和白地裕士，簡單的照面之后，他們來到元康的死亡現場——地下室，柯南仔細進行現場勘查，發現了電話上一串奇怪的數字，期間，小蘭對柯南起了疑心，而暗中觀察他，但柯南毫無意識。

在盛夏到伊豆去做海水浴時，有一個叫道脅的男子主動和園子搭訕，并邀請三人一起吃飯，期間，道脅談起了當地有名的男子殺害褐色頭發女生的事，就在這時，有人匆忙跑來說有一名褐發女子在小樹林遇害。晚上，柯南三人在等待道脅接他們共進晚餐時，園子卻遭到了不明人士的攻擊。

柯南、小蘭和園子一起在天臺上等待看流星，和他們一起的還有三個東都大學研究所的學生，期間，野中和秋本去對面的電視轉播塔進行攝影，臨走前秋本告訴他們會有人造衛星經過，讓他們注意觀測。過了一會，秋本從轉播塔那邊回來，留下野中一人攝影，就在大家看向對面的時候，野中從塔上墜落，趕到現場后，他已氣絕身亡，這到底是意外事故還是有人蓄意謀殺？

小五郎被山崎社長邀請去拍攝宣傳廣告。在吃飯的時候聽到玻璃破碎的聲音，跑過去看的時候發現山崎社長從窗戶里掉出來摔到懸崖下死，而房間竟然是密室狀態！調查后發現死因是因被大量蜜蜂追趕而不慎掉入山谷，但柯南在調查現場之后發現事實并非如此，黏在門把手上的奇怪東西最終讓柯南發現了兇手的身份和犯罪手法。

在醫院醒過來的小蘭看到麻美平安無事便和園子一起出去買東西，但等她們回來之后卻發現麻美不見了。另一邊，柯南還在為找出事故原因向消防員詢問現場狀況，并下山去沢井等人去的便利商店詢問當時他們買東西的場景，在老板指出有一人行動奇怪后，柯南便知道了放火就是那個人！