女主播水無(wú)憐奈拜托小五郎調(diào)查一件奇怪的事情，她家的門(mén)鈴連續(xù)兩個(gè)月無(wú)故響起，但卻從未發(fā)現(xiàn)有任何人出現(xiàn)在附近的跡象，并且門(mén)口還曾出現(xiàn)過(guò)一瓶安眠藥，更離奇的是隔壁空了半年的房子竟然在某天夜里出現(xiàn)了聲響，聽(tīng)完水無(wú)的描述，柯南在她家門(mén)口的墻上粘了發(fā)信器，企圖竊聽(tīng)門(mén)外的動(dòng)靜，之后，又獨(dú)自來(lái)到隔壁房間調(diào)查并在玻璃門(mén)上發(fā)現(xiàn)了“木、美、和”三個(gè)字。

柯南和小蘭在公園遇到了帶狗玩耍的八木沢夫婦和堤夫婦，兩只小狗武藏和克爾更是贏得他們的喜愛(ài)，然而，沒(méi)過(guò)幾日，就發(fā)生了一起惡狗傷人事件，攻擊者正是武藏，它咬傷了隔壁中谷太太的婆婆，導(dǎo)致其失血過(guò)多而死，雖然小五郎和柯南等人認(rèn)為是中谷太太命令武藏進(jìn)行襲擊，可卻沒(méi)有確鑿的證據(jù)，直到克爾在案發(fā)的院子里找到……

柯南等人掉落屋低之后，發(fā)現(xiàn)這個(gè)別館的地下居然是一個(gè)巨大的迷宮，大家團(tuán)結(jié)一致將衣服拆開(kāi)，利用毛線引導(dǎo)道路，雖然走了很多冤枉路，但還是找到了出口。而此刻距離解謎的結(jié)束時(shí)間只有三個(gè)小時(shí)，這時(shí)，窗外的一束光給了柯南提示，他跑出東之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相應(yīng)的位置，寶藏的所在也顯現(xiàn)出來(lái)，這時(shí)，時(shí)鐘不顧一切的沖向?qū)毑兀降资鞘裁慈耍?/p>

少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來(lái)過(guò)而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒(méi)想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

13年前，發(fā)生過(guò)的國(guó)友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認(rèn)為有恐高癥的波花不會(huì)接近關(guān)口被殺的3層的陽(yáng)臺(tái)，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習(xí)慣和病癥，都不太可能是殺害關(guān)口的犯人。而在藥瓶上檢測(cè)出來(lái)的未知的指紋更使兇手的身份疑團(tuán)加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。