小蘭和園子去吃帶上小學(xué)生才能打折的巨龍之山奶油圣代。柯南覺(jué)得無(wú)聊去商場(chǎng)廁所時(shí)看到了高木、千葉和5歲的人質(zhì)結(jié)誠(chéng)佳代子的媽媽?？履先サ叵峦＼?chē)場(chǎng)解救了佳代子，卻反被殺人犯大嶺良介當(dāng)人質(zhì)劫車(chē)帶走。小蘭找來(lái)了毛利小五郞救柯南。車(chē)上，柯南得知大嶺在涉谷開(kāi)搶殺了柔道黑段、經(jīng)常拖欠工人工資而引發(fā)金錢(qián)糾紛的恩田和美。原因是替開(kāi)發(fā)過(guò)許多游戲卻沒(méi)得到應(yīng)得數(shù)目的工資的朋友金山報(bào)仇?？履掀髨D逃走，黑暗中有人對(duì)柯南開(kāi)槍?zhuān)髱X救了柯南，柯南找來(lái)阿笠博士幫忙掩護(hù)。在毛利的調(diào)查中，幕后嫌疑人有三個(gè)。。。

30年前，莊堂胡桃被一位少年從車(chē)禍中救回一命，如今，她想把偶然中得的一億獎(jiǎng)金轉(zhuǎn)送給自己的恩人，線索就是少年身上巨大的疤痕以及夏日海灘的記憶，期間，有兩名男子前來(lái)認(rèn)領(lǐng)，為了辨認(rèn)誰(shuí)才是正牌貨，柯南他們來(lái)到了莊堂家，沒(méi)想到在這里碰到了正在追查快要超過(guò)追訴期的殺人案的目暮警官，因?yàn)槟敲麅词稚砩弦灿幸坏纻?。?dāng)晚，小五郎泡澡的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)管家保谷泰輔背上有一道傷痕，胡桃回憶中的少年究竟是誰(shuí)呢？

放課后，小林老師神神秘秘的讓同學(xué)們都離開(kāi)教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個(gè)江戶川亂步迷老師的意圖，之后，同學(xué)們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號(hào)的所指，就在他要揭秘時(shí)卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學(xué)，沒(méi)有柯南的幫助，他們能否解開(kāi)暗號(hào)找到老師呢？

工藤收到屋田誠(chéng)人的信，信上說(shuō)他一年前辦的案子有差錯(cuò)讓他重新調(diào)查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他們一起前往那個(gè)村莊?？履现簧韥?lái)到了信上所說(shuō)的地址，不想被關(guān)進(jìn)了小木屋，就在這時(shí)，他因?yàn)檎`食解藥的身體開(kāi)始發(fā)生變化，逃脫期間掉進(jìn)了旁邊的湖里，被人發(fā)現(xiàn)時(shí)他已經(jīng)失去記憶。為了讓他想起過(guò)去，服部一行帶著新一來(lái)到了當(dāng)時(shí)的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)日源村長(zhǎng)家，并在這里碰見(jiàn)了記者河內(nèi)深里以及屋田誠(chéng)人的同學(xué)水川萌生。

小五郎、柯南和小蘭去鐮倉(cāng)看繡球花的時(shí)候遇見(jiàn)了一樁命案，死者是資產(chǎn)家矢口九衛(wèi)門(mén)，警方立刻聯(lián)系了死者的兒子祿郎、明彥和公夫，分別對(duì)他們進(jìn)行偵訊，發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都有作案動(dòng)機(jī)和嫌疑，但他們卻有不在場(chǎng)的證明。死者的三個(gè)兒子不但沒(méi)有為父親的死感到悲傷反而因?yàn)檫z產(chǎn)分配問(wèn)題爭(zhēng)吵不休，看透真相的柯南將小五郎麻醉道出老先生的死因以及一個(gè)父親的哀傷。