京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。

福康安來勢洶洶，必欲加害紀曉嵐，不想迎面而來的竟是當今圣上，原來，太后、皇上一行已返回京城。紀曉嵐撫琴，小月吟唱，一曲《葬花吟》令人蕩氣回腸。紀曉嵐抓住時機，對紅樓極盡贊美之詞，并聲明《石頭記》就是《紅樓夢》，作者蒙受了不白之冤。使曾下令禁毀此書的皇上格外為難。 太后鐘情“紅樓”，紀曉嵐將書稿送入慈寧宮，并讓湘云伴讀，有了太后庇護，此書當逃被毀厄運。 皇上就書中是否有反清復明的傾向征求和、福康安意見，和受陳未元賄賂，建議改寫后四十四，以符合人倫禮教。 太后對紅樓人物津津樂道，每日與湘云品書說書，湘云天真，指望太后能幫她擺脫與陳未元的不幸婚姻，拂逆了其骨子里的三綱五常，被請出宮門。紀曉嵐利用和貪贓受賄，心中有鬼的心理，寧可放棄被之霸占的三幅字畫珍品，要求和出面，向陳未元施加壓力，給湘云自由。 太后聽信讒言，將湘云發配與其夫陳未元離京回原籍，紀曉嵐萬不得已，懇請皇上，他的坦蕩襟懷，至性至性終于感動了上蒼，然而一切都太晚了，湘云在百般痛楚中已自刎身亡。

紀曉嵐義正詞嚴，歷數“監糧”案中上下官吏貪污、無恥的惡行，皇上萬分震驚。但鑒于牽扯人員太多，法不責眾，只將主犯王旦望正法，以震懾那些貪心亡命之徒。 貪官污吏被繩之以法，百姓歡呼雀躍，紀曉嵐不敢放松警惕，居安思危，某日，負責登記王旦望被抄沒家產的文書王斬柱，向紀曉嵐透露，王家贓物中不少貴重珍品已被私吞。 莫愁、小月閑來無事，拿和消遣，硬要他陪同逛街，三人信步來到一古玩店，竟有意外收獲，先后購得一枚蘇卿憐曾戴的頭飾和名畫《清明上河圖》。和明知這都是被官府沒收的贓物，命人告密，大內侍衛領兵查封了古玩店和當鋪，和又借機敲詐“監糧”案主審江南道御史陳輝祖。 從莫愁、小月的閑聊中，紀曉嵐得知贓物出處，陷入對這個“案中案”的沉思當中。 陳輝祖早就準備了一厚一薄兩本帳冊，應付府衙存檔，并決定將罪過推倒因害怕報復正逃之夭夭的王斬柱身上。

眾閱卷官宴請紀曉嵐，暗地給紀曉嵐的湯里下藥。趙文龍假裝與和珅有秘事商談，小月中計，跟隨兩人到澡堂。和珅故意斥責紀曉嵐沉迷女色，與趙青關系暖昧。紀曉嵐藥性發作，昏睡過去。左山傀帶領眾閱卷官將原始考卷搬走，并造成紀曉嵐抽煙失火的假象。小月越聽越氣，趕回貢院要跟紀曉嵐問個究竟，卻發現紀曉嵐房里失火，于是奮不顧身將其救出。為了找尋徇私舞弊的證據，紀曉嵐帶乾隆前往香積庵。主持了凡正要殺趙青滅口，聞聽紀曉嵐到來，匆忙外出迎接。乾隆以布施為由要參觀香積庵，紀曉嵐提出要察看地牢。了凡有意勾引乾隆。

福康安與和因偷偷挪用貢珠煉取仙丹而惴惴不安，備受太后寵愛的小月跟隨紀曉嵐奉旨赴臨青州，調查藥方疑案，和見阻撓不成，詐稱可助他們一臂之力，騙取皇上信任。幾個人輾轉住進一如意樓。側面打聽到此地有一位名叫黃鐵牙的神醫。 四姑娘尾隨而至，直闖紀曉嵐房間，語帶雙關二人詩詞酬和，心照不宣。小月多疑，頓生不滿。實際上四姑娘此行特為要對御醫呂長安殺人滅口。十四王爺又密授兩位黑衣女子跟蹤四姑娘必要時斬草除根。 名醫世家出身的炳康和香草是青梅竹馬的伙伴，二人勤勤懇懇，為煉就一付能長生不第之仙藥不辭勞苦，炳唐之父，正是才因奶娘暴亡而受牽連的御醫呂長安--神醫黃鐵牙，此番在家鄉被香草之父，德和堂藥鋪何掌柜收留，隱姓埋名。 尷尬人偏遇尷尬事，小月剛剛與逡巡而來，闖入如意樓的和撞個滿懷，又與來無影去無蹤的四姑娘“巧遇”。