柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調(diào)查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對職員們暗中調(diào)查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對象，三人計(jì)劃在倉庫抓住罪犯的現(xiàn)行，不料卻發(fā)現(xiàn)谷崎死在了反鎖的房間里。正當(dāng)案件一籌莫展時(shí)，谷崎生前研究的老鼠機(jī)器人引起了柯南的注意。

平次與和葉邀請小蘭和柯南一起去看彩燈，在等小蘭與和葉準(zhǔn)備晚飯的期間，平次和柯南去樓下的白羅咖啡館打發(fā)時(shí)間，不料卻恰好遇到了一起殺人未遂的案件。受害者雖沒有生命危險(xiǎn)，但血跡卻濺到了柯南和平次的臉上，二人本以為可以通過血跡找到真兇，萬萬沒想到店內(nèi)的幾個(gè)客人身上均未發(fā)現(xiàn)血跡。正當(dāng)案件調(diào)查一籌莫展時(shí)，店內(nèi)一名自稱和田進(jìn)一的男子突然念起一首和歌，平次和柯南馬上明白了此人的用意，并合力找出了真兇。

日暮警官有事求助于小五郎，最近一件殺人案讓他非常苦惱。舞濱龍二是文學(xué)家靈岸雄高的外甥，靈岸先生在家被人謀殺，根據(jù)目擊者的證詞，警方鎖定犯罪嫌疑人就是舞濱龍二。但就在離起訴期只剩兩天的時(shí)候，舞濱龍二突然推翻之前的證詞，說靈岸先生被害那晚他正在自家附近實(shí)施入室搶劫，受害者的證詞也證明了這點(diǎn)。靈岸家與舞濱家距離有一個(gè)多小時(shí)的車程，舞濱龍二到底是怎么錯(cuò)過時(shí)間差實(shí)施殺人犯罪的，這讓日暮警官百思不得其解。

小五郎和柯南準(zhǔn)備外出吃飯的時(shí)候正巧看到了交通事故，駕駛車輛的是菊池俊明，而被撞死的人是他的熟人堤先生，看到堤的尸體后菊池痛哭流涕，而警方在堤的外套里找到了一封遺書，據(jù)此將這起事故作為自殺案件處理。菊池的舉動(dòng)和現(xiàn)場的細(xì)節(jié)引起了柯南的懷疑，他知道這并不是一起自殺案件。