白鳥(niǎo)警官的車(chē)突然發(fā)生爆炸，所幸他并沒(méi)有當(dāng)場(chǎng)死亡而是被立馬送去了醫(yī)院，在他的手中，佐藤警官還發(fā)現(xiàn)一封和三年前相似風(fēng)格的挑戰(zhàn)書(shū)，為了尋找炸彈，警察在慌亂中展開(kāi)調(diào)查，柯南也從佐藤警官那里得知了，這個(gè)爆炸狂與警察的淵源，七年前警察和兩名歹徒產(chǎn)生了誤會(huì)，而導(dǎo)致其中一人出車(chē)禍死亡，于是這名活下來(lái)的歹徒便安放炸彈報(bào)復(fù)警察。

震撼警視廳 1200萬(wàn)人質(zhì) (之一)佐藤警官回憶起了三年前發(fā)生的事情，當(dāng)時(shí)她所在的搜查科來(lái)了一位叫松田陣平的警官，在目暮警官的要求下，她便常常和松田一起行動(dòng)。某日，警局再次收到了連續(xù)三年都在這一天發(fā)來(lái)的傳真，看過(guò)內(nèi)容后，松田不由分說(shuō)的趕去摩天輪，并在那里發(fā)現(xiàn)了炸彈，為給四年前因炸彈而死的朋友荻原研二報(bào)仇，他只身犯險(xiǎn)，卻不幸殉職。這時(shí)，柯南他們的聲音打斷了佐藤的回憶，一起吃飯的路上又遇到了高木和白鳥(niǎo)警官，豈料悲劇再度發(fā)生。

毛利偵探事務(wù)所來(lái)了三個(gè)委托人。要求調(diào)查失蹤的著名的系統(tǒng)工程師板倉(cāng)，三人是不同游戲公司的職員，受板倉(cāng)委托開(kāi)發(fā)各自不同的軟件。小五郎根據(jù)三人發(fā)來(lái)的郵件里的畫(huà)像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)板倉(cāng)已經(jīng)死亡。在柯南的提示之下暮目警官發(fā)現(xiàn)了板倉(cāng)被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！

藤枝干雄收到暗殺的威脅，為了阻止暗殺找來(lái)了小五郎，而委托的酬勞竟然是1千萬(wàn)日元！但在事件解決之前小五郎居然用掉了五百萬(wàn)日元，之后因?yàn)闊o(wú)力阻止暗殺，最終分居中的妻子妃英理代替他去了委托人那里。而同時(shí)到達(dá)那里的還有柯南的母親工藤有希子！而此時(shí)通過(guò)監(jiān)視器眾人發(fā)現(xiàn)獨(dú)自在房間里的藤枝竟然倒地不起！沖過(guò)去之后發(fā)現(xiàn)藤枝干雄已經(jīng)死亡。

為調(diào)查鬼屋真相搜集更多的線(xiàn)索，柯南和小五郎一起對(duì)這棟公寓的其他三位住戶(hù)進(jìn)行詢(xún)問(wèn)，四谷和番町的房間里都擺滿(mǎn)了各種恐怖碟片以及會(huì)發(fā)光的鬼怪塑像，而另一位叫牡丹的研究生則是名絕對(duì)的無(wú)神論者，調(diào)查期間，總有飛蛾圍繞在他們身邊，這讓柯南靈光一現(xiàn)，沒(méi)錯(cuò)，這些恐怖現(xiàn)象確實(shí)是人為的，并且這還與四年前那具死在公園里的女性焦尸相關(guān)，而兇手就是他！