小五郎、柯南和小蘭接受工務(wù)店社長(zhǎng)河井的款待，來(lái)到屋形船。河井包下了整艘船，加上另外一位客人山崎后，小船出港了。小船停在了米花港的中段位置，柯南他們一邊欣賞著對(duì)岸的夜景與焰火，一邊品嘗美味佳肴；而河井與山崎則在船頭釣魚(yú)。熱衷于釣魚(yú)的山崎脫去襯衫，擺出跑步的姿勢(shì)，赤腳握著釣魚(yú)竿。。煙火大會(huì)第一部結(jié)束，夜空變黑的時(shí)候發(fā)現(xiàn)倒下的河井與山崎。河井尚有意識(shí)站起，而山崎則觸電死亡。

眼看車(chē)子馬上到達(dá)賢橋車(chē)站，但與黑色組織接觸之前，柯南還要先處理一件事情，那就是揭穿車(chē)上的這兩名珠寶大盜，將他們制服以后，柯南讓阿笠博士報(bào)警，而自己則只身犯險(xiǎn)進(jìn)入車(chē)站，他將碟片和支票都放在儲(chǔ)物柜里，自己躲在一邊暗中觀察，當(dāng)沃克拆除碟片時(shí)，今恩出現(xiàn)，他看出了柯南想要收集他們指紋的目的并推斷出他就在附近，于是便開(kāi)始尋找，只聽(tīng)兩人腳步漸漸逼近……

小五郎受委托調(diào)查游戲軟件工程師板倉(cāng)死亡。目暮警官斷定是心臟病發(fā)作的殺人事件。小五郎懷疑三名委托人是嫌疑犯，但沒(méi)有證據(jù)。柯南為了得到記錄著黑色組織線索的被害者日記磁片，急于解決事件。但一直沒(méi)有機(jī)會(huì)。而在案件調(diào)查方面最終在看到不自然的圍棋盤(pán)之后柯南得知死者留下的死前訊息并指出了兇手的所在。

小五郎受邀帶著柯南與小蘭造訪知名畫(huà)家早河靜山的別墅。他的地址黑木次郎拜托小五郎激勵(lì)自殺未遂的靜山。次日，小五郎等留下靜山和黑木去海邊釣魚(yú)，而傭人山本典子聯(lián)系他們說(shuō)靜山留下手書(shū)失蹤了。很快，在竹林中發(fā)現(xiàn)了靜山的遺體。發(fā)覺(jué)自殺有可疑之處的柯南剖析事件真相發(fā)現(xiàn)他殺的證據(jù)和犯人的真實(shí)身份！

元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見(jiàn)犯人要乘坐輕型卡車(chē)逃走，便潛入卡車(chē)跟蹤并聽(tīng)見(jiàn)挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車(chē)的所有方的倉(cāng)田運(yùn)輸，開(kāi)始調(diào)查。在調(diào)查之后眾人并沒(méi)有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到藏尸的地方而正在這時(shí)兇手出現(xiàn)，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。