和柯南推測(cè)的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個(gè)從現(xiàn)場(chǎng)消失的名叫淺香的保鏢，其真實(shí)身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時(shí)候聽到了電視臺(tái)打給毛利小五郎的電話，號(hào)稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當(dāng)柯南和小五郎趕到指定賓館時(shí)又一起兇殺案發(fā)生了。

一家房地產(chǎn)公司的黑心社長(zhǎng)東先生和他的助手河西找到了毛利小五郎，他們稱自己接到了殺人預(yù)告電話，而對(duì)方的目標(biāo)就是東先生。嫌疑人有三個(gè)，小五郎和柯南一一找他們確認(rèn)過(guò)，調(diào)查過(guò)程中柯南察覺到了一絲異常。三個(gè)嫌疑人被叫到了一起，柯南麻醉了小五郎后展開了推理，但就在結(jié)果出來(lái)后眾人卻都露出了詭異的笑容。

根據(jù)友寄夫人的回憶，寫有打開機(jī)關(guān)盒方法的紙條被丈夫藏在了某本書中，眾人紛紛開始查閱圖書館中的藏書。柯南在回憶友寄夫人所言之后，頓悟了紙條被藏匿的方法，并推理出紙條所在的書籍。正當(dāng)眾人齊心協(xié)力想要從書中找出紙條時(shí)，圖書館突然停電陷入一片黑暗，柯南等人趕緊前往放置機(jī)關(guān)盒的展廳，卻發(fā)現(xiàn)基德早已留下卡片逃之夭夭。

柯南和平次傳來(lái)歷史學(xué)家的死訊，眾人陷入恐慌，并認(rèn)為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學(xué)家主動(dòng)要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長(zhǎng)詢問(wèn)細(xì)節(jié)，院子卻突然再次著火，與此同時(shí)樓上的考古學(xué)家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房?jī)?nèi)，待柯南等人趕到時(shí)已經(jīng)喪命。經(jīng)過(guò)一番調(diào)查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。

毛利小五郎收到一封落款人名為倉(cāng)田屋駒吉的信件，此人號(hào)稱要把傳家寶送給他，于是小五郎便與柯南和小蘭一同前往約定地點(diǎn)山口縣。來(lái)到山口縣的三人偶遇了記者夏目明日香，小五郎謊稱三人是來(lái)此地度假的，明日香便主動(dòng)請(qǐng)求為三人當(dāng)導(dǎo)游。然而在旅行中，小五郎不慎說(shuō)漏嘴透露出此行目的，卻因此遭到了警察的逮捕。原來(lái)名為倉(cāng)田屋駒吉之人竟是一名搶劫犯，而所謂的傳家寶則是搶來(lái)的貴重贓物……