少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來(lái)到云丸山露營(yíng)，在山中小屋他們遇到了正在爭(zhēng)吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭(zhēng)吵的焦點(diǎn)。爭(zhēng)吵過(guò)后岳美負(fù)氣離開(kāi)睡在了懸崖底下，半夜的時(shí)候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來(lái)的柯南見(jiàn)證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。

唐三忍著被電的劇痛，用藍(lán)銀草把鐵籠子的欄桿死死捆住，他拼盡全力往外拉，藍(lán)銀草一點(diǎn)點(diǎn)被電枯萎，唐三被電到口鼻出血，鐵籠子的欄桿才拉開(kāi)一個(gè)大縫，唐三因?yàn)轶w力透支暈倒在地，小舞和玉小剛急忙從大縫里出來(lái)攙起唐三。唐三掙扎著爬起來(lái)，他試圖召喚藍(lán)銀草，結(jié)果無(wú)動(dòng)于衷，玉小剛勸他不要再浪費(fèi)力氣了，他的武魂已經(jīng)徹底廢掉了，蕭塵宇對(duì)唐三冷嘲熱諷，逼他俯首稱臣，玉小剛使出雙魂環(huán)，蕭塵宇根本不屑一顧，還取笑玉小剛是廢人，玉小剛讓唐三和小舞屏住呼吸，他召喚出沉睡的唐三炮，唐三炮跳起腳來(lái)沖蕭塵宇他們放了一個(gè)大煙彈，把蕭塵宇和柳龍等人當(dāng)場(chǎng)熏暈，蕭塵宇揚(yáng)言要追到圣魂村殺了他們，玉小剛惱羞成怒，返回來(lái)暴打他一頓，蕭塵宇嚇得連連求饒。玉小剛斷定蕭塵宇不會(huì)善罷甘休，唐三想回圣魂村把父親一起接走。王圣不肯放過(guò)這難得的報(bào)仇機(jī)會(huì)，把蕭塵宇一刀斃命。凌風(fēng)聞?dòng)嵹s來(lái)，看到蕭塵宇被割喉而死，就把昏迷的柳龍叫起來(lái)問(wèn)明緣由，凌風(fēng)看到被掰彎的鐵籠子，得知此事是玉小剛，唐三和小舞所為，讓柳龍把在場(chǎng)的侍衛(wèi)都叫起來(lái)，一起去圣魂村追殺唐三他們，否則城主會(huì)讓所有人陪葬。唐三帶著小舞和玉小剛回到圣魂村，可唐昊不在家，玉小剛發(fā)現(xiàn)家具上落了厚厚的灰，猜到家里

死者被殺時(shí)手里握著剪刀，尸體的傷口處還粘滿了蜂蜜，不僅如此，案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的水龍頭還一直開(kāi)著，柯南和昴確定兇手就是零食店的仙波先生，但他們還一時(shí)半會(huì)兒找不到兇器。在詢問(wèn)了保鏢后柯南有了一些線索，阿笠博士在院子里看到的成群螞蟻也為他們提供了幫助，兇手到底是運(yùn)用了什么手法來(lái)作案的呢？

小五郎讓柯南和小蘭陪他一起去位于大分的別府溫泉旅行，說(shuō)到別府溫泉最有名的莫過(guò)于地獄巡游之旅，就在小蘭和柯南興致勃勃討論的時(shí)候小五郎卻在一旁默不作聲。在柯南和小蘭的逼問(wèn)下小五郎才說(shuō)出了實(shí)情，這次的旅行目的是尋找仲代電氣社長(zhǎng)的女兒麻奈美，柯南根據(jù)照片找到了麻奈美所住的旅館，但這僅僅只是開(kāi)始。

柯南從無(wú)人機(jī)上墜落后便失去了犯人的線索，就在眾人一籌莫展的時(shí)候佐藤警官打來(lái)電話，她稱發(fā)現(xiàn)了犯人。佐藤警官上前拘捕犯人卻反被挾持，柯南和高木等人趕到后協(xié)力制服了犯人，但手提包內(nèi)的1億日元卻不翼而飛。另一方面，本該被綁架的麻奈美小姐正在美術(shù)館欣賞裕之的作品，而這背后到底是誰(shuí)在搞鬼？