意外的是門把上留下的指紋竟然是諸伏高明警官的部下，為找尋更多線索，大和刻意讓柯南跟著高明警官去曾經(jīng)住在別館里的翠川尚樹、山吹紹二、百瀨卓人和直木司郎家進行詢問，高明警官謊稱在門把上檢驗出他們的指紋來觀察他們的反應，不所料直木司郎聽說了這件事之后神色緊張，就在大家以為他是兇手，準備進一步進行調(diào)查時，直木司郎被人殺死，而他家里的其中一面墻壁被涂成了紅色。

園子的次郎吉叔祖父要舉辦龍馬展，而怪盜基德則發(fā)出了預告狀。但奇怪的是這次基德發(fā)出的是歸還物品的預告狀！而從叔祖父那里園子他們了解到這次次郎吉只是借出了博物館場地，而展覽的主辦發(fā)則是樽見。為了對抗基德，幾次郎在展覽場地安排了特別“基德歸還處”就在眾人在處處提防怪盜基德的時候柯南發(fā)覺了基德指定的日期是雨天。但基德的用意究竟何在？

對時鐘狂熱的?？屏瓠L子在自己的身日宴會上被刺身亡。在調(diào)查來賓是古垣透露出犯人肯能是個胖子的證詞，而在調(diào)查了所有客人后并沒有發(fā)現(xiàn)符合猜想的嫌疑人。在聽到大時鐘的零點報時后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人利用報時的大時鐘的殺人手法和兇手的身份。兇手最終承認了因為為好友報仇而殺人的事實。

柯南和服部等人得知了犬伏家兄妹幾人改名的事情，而在和葉子和小蘭的閑聊中服部和柯南領(lǐng)悟到了魔犬的秘密正在這時裟臣婆婆卻突然倒下。而在小蘭和葉子的提示下小五郎推理出幸姬變是此次事件的犯人。而當眾人來到小屋里尋找幸姬的時候，魔犬卻突然出現(xiàn)！但當魔犬撲過來時眾人發(fā)現(xiàn)魔犬其實只是小狗，而服部和柯南也揭露了犯人的真面目。

小五郎為錄制日賣電視臺的旅游節(jié)目來到了宮島，然而在拍攝期間，制作單位的工作人員卻接二連三發(fā)生奇怪的事件，柯南發(fā)現(xiàn)這些案件的發(fā)生與宮島七大不可思議傳說相對應。途中，大家結(jié)識了紅葉饅頭店彌山屋的彌生小姐，并且得知四處調(diào)查工作人員的神秘男子似乎就是她的哥哥紳六，紳六在尋找兩年前跌落懸崖死亡的雙親后就突然消失，難道這件事與日賣工作人員有什么關(guān)聯(lián)？