九十九七惠通過妃英理的介紹來到毛利偵探事務所，她拜托小五郎幫她重新調查丈夫著名魔術師九十九元康的死因，一行人來到九十九家中，見到了元康的三個學生真田一三 、三好麻子和白地裕士，簡單的照面之后，他們來到元康的死亡現(xiàn)場——地下室，柯南仔細進行現(xiàn)場勘查，發(fā)現(xiàn)了電話上一串奇怪的數(shù)字，期間，小蘭對柯南起了疑心，而暗中觀察他，但柯南毫無意識。

小五郎受學生時代認識的房東太太宗田光江之托，開導她最近不知為何事而消沉的孫子阿真，數(shù)次敲門無人回應，光江用備份鑰匙把門打開，卻發(fā)現(xiàn)屋內一片狼藉，而且墻壁上還涂滿了用紅色蠟筆畫的線，大家在浴室發(fā)現(xiàn)了割腕而死的阿真，光江讓柯南找來醫(yī)科大學的房客城戶，但已經為時已晚，小五郎斷定這是自殺案件，但光江和柯南卻認為是被人抹殺，這時，大家注意到了在建筑模型里的鑰匙，也就是說這是密室殺人事件！

帝丹小學校慶這一天，少年偵探團拿著阿笠博士送給大家的電影折價券一起去看電影，大家爭執(zhí)之后決定去看哥美拉的三部片子，沒想到今天是這家電影院最后一天營業(yè)，柯南等人成了最后一批觀眾，就在欣賞電影之際，熒幕上卻出現(xiàn)了一個黑影，原來這個黑影就是迫使電影院關門的張?zhí)锏倪z體，在警方要以自殺確定這件案子的時候，光彥卻說一句讓大家驚訝的話！

小蘭到上森老師的烹飪教室去上課，菜做到一半屋里突然停電，這時，烹飪老師上森美智卻不知道被什么人刺傷了背部之后身亡，這名兇手利用繩子和冰塊早就事先制造了一個會自動斷電的裝置，調查結果還發(fā)現(xiàn)，兇手從外部進入屋內行兇的可能并不成立，那么兇手就是屋內除去柯南三人的其他幾名學生。

小五郎被山崎社長邀請去拍攝宣傳廣告。在吃飯的時候聽到玻璃破碎的聲音，跑過去看的時候發(fā)現(xiàn)山崎社長從窗戶里掉出來摔到懸崖下死，而房間竟然是密室狀態(tài)！調查后發(fā)現(xiàn)死因是因被大量蜜蜂追趕而不慎掉入山谷，但柯南在調查現(xiàn)場之后發(fā)現(xiàn)事實并非如此，黏在門把手上的奇怪東西最終讓柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的身份和犯罪手法。