牛迂的死因是喝了摻進(jìn)氰化鉀的綠茶后中毒身亡。神奈川縣的橫溝警官發(fā)現(xiàn)裝著氰化鉀的瓶子翻倒在尸體下。然而牛迂打開(kāi)了綠茶的瓶蓋后沒(méi)人再碰過(guò)，因而他斷定這是自殺案件。但柯南卻對(duì)此很懷疑。之后柯南發(fā)覺(jué)元太的舉止很古怪，于是調(diào)查三瀨等人的車內(nèi)垃圾，找到了決定牛迂絕他殺的證據(jù)。犯人也最終承認(rèn)了自己的罪行。

公演不能終止，可是主演蓮華卻還是沒(méi)有下落，情況緊急，小蘭自告奮勇決定暫時(shí)擔(dān)任輝夜姬一角。于是，少年偵探隊(duì)出動(dòng)，他們和玉之助一起幫忙找人，期間還遇到為給歹徒送錢(qián)而被打昏的片岡秘書(shū)大貫，面對(duì)人財(cái)兩空的狀況，柯南能否找到蓮華？《竹取物語(yǔ)》又能否完美謝幕？

不忍看到和葉為解死亡訊息焦急流淚，于是，服部在與柯南的對(duì)話中有意的透露一些提示，所幸和葉一點(diǎn)就通明白了其中的奧秘。另一邊，警方叫來(lái)最先發(fā)現(xiàn)尸體的四人，并一一做了偵訊發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都心懷鬼胎有殺人的動(dòng)機(jī)，而柯南和服部也沒(méi)有停止尋找真兇，就在二人找到新的線索時(shí)，和葉突然大呼自己知道誰(shuí)是兇手。

因接到電視臺(tái)的邀請(qǐng)，小五郎便帶著柯南和小蘭飛到?jīng)_繩，參加一個(gè)與職棒選手能勢(shì)和主持人本山對(duì)談的節(jié)目錄制。在機(jī)場(chǎng)與本山會(huì)合之后，一行人打算去能勢(shì)下榻的酒店接他，沒(méi)想到卻在半路發(fā)現(xiàn)了能勢(shì)的尸體，期間，本山的一句話讓柯南認(rèn)定他就是兇手，可能勢(shì)死亡的時(shí)候，他正在飛機(jī)上，因此有充分的不在場(chǎng)證明，那么，他到底是如何往返于兩個(gè)地方犯案的？

阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來(lái)到岡山縣倉(cāng)敷市展開(kāi)了一場(chǎng)古代史之旅，他們?cè)谶@里結(jié)識(shí)了因同學(xué)會(huì)而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來(lái)的暗號(hào)進(jìn)行尋寶時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)那五人中的一人突然死亡，另外一個(gè)則被當(dāng)做重要關(guān)系人接受調(diào)查，根據(jù)少年偵探隊(duì)所找到的時(shí)光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個(gè)時(shí)光保存罐。