紀曉嵐頗為欣賞如玉的才情，于是讓如玉女巧扮男裝，跟隨自己去大內看《四庫全書》的編纂。和珅將紀曉嵐寫下的奏章呈給乾隆，乾隆大悅，讓紀曉嵐在宮中騎馬作為獎勵。和珅散布謠言說紀曉嵐當初扣下顏驥的藏書只為查反書以取說皇上，眾官皆信不已，紀曉嵐有口難辯。顏驥的學生戴沾一直潛心幫紀曉嵐著書，得知此消息，痛斥紀曉嵐道貌岸然，被官府以辱罵朝廷命官為由投進大獄。紀曉嵐見到奏章實為自己筆跡，百思不得其解。小月深夜潛入和府要盜出迷魂煙草，不料中了和珅的圈套，將假煙草拿回了紀府。紀曉嵐檢驗煙草的真偽，不料牙齒被煙草染黑。早朝時，和珅看到紀曉嵐閉口不語很是幸災樂禍，并千方百計的讓紀曉嵐在乾隆面前開口。紀曉嵐將計就計，引經據典，表示“黑齒”之舉只是為了提醒皇上理政之道。乾隆深感紀曉嵐的一番苦心，高興之余獎紀紀曉嵐煙草，紀曉嵐表示愿意用煙草換戴沾免罪。戴沾同意前往紀曉嵐家中繼續編纂《四庫全書》。和珅找到神父，表示要捐資修教堂，神父經受不住誘惑，將紀曉嵐佯裝找到迷魂煙草的真相全盤托了出。如玉與戴沾同在紀曉嵐家中。見到戴沾的正直之舉，如玉很是欽佩。

和珅安排賈三等人在停尸房附近縱火．并命打手任五趁亂給尸體做手腳，以制造他殺的假象。乾隆透露貴寧告紀曉嵐有結黨之勢。和珅推薦與三院毫無瓜葛的曹文埴再次驗尸。曹文埴被假象蒙蔽，上奏乾隆死者為他殺，乾隆大怒，命令逮捕海升。眾驗尸官均感事有蹊蹺卻也無奈。紀曉嵐與曹文埴擊掌鳴誓，約定為蒙冤之人討回公道。根據海升的指點，紀曉嵐果然在書中找到關于尸體傷痕作假的記載。面對劉構的威逼，海升一身凜然，誰知劉構出爾反爾，在騙得供詞后還執意要給海升上刑。

京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。

紀曉嵐不肯循親枉法，力數薛大老板之罪狀，皇上無言以對，和巧言令色，深通馬屁術和離間術，莫愁聞知老夫人既是貪案的罪魁禍首，想到為此犧牲的黃克明，舉劍直指老夫人，并慷慨陳詞，欲報仇血恨，皇上深為震驚，迫于情勢，決定親自出馬，弄清案情，查明真相。 紀曉嵐與和天生一對冤家對頭，一旦相見，便免不了冷嘲熱諷。和建議以無關緊要的人物做替罪羊洗清柳志夫人的污點，紀曉嵐豈相從，柳志夫人痛訴多年來失子之痛，才為彌補失落感，用金錢報仇世人。皇上矛盾不已，紀曉嵐毫不手軟，斷然判案，不惜身家性命。柳志夫人自知罪孽重，不忍再為難皇上毅然服毒自盡。 一日，紫禁城內，君臣又聚在一起，為奶娘命案一事產生歧義，和深知此案頗多詭異，不愿輕易牽掛上身，紀曉崗卻明察秋毫，知此中大有文章，正欲深入調查，御醫呂長安卻越獄逃跑。

乾隆被了凡的絕色容貌所迷惑，喝了被下了藥的茶而昏迷，也被關進地牢。得知皇上和紀曉嵐同在地牢，和珅深感大禍臨頭，于是與敏德商議先發榜，然后再殺了凡滅口以瞞天過海。敏德佯裝要放了凡生路以騙得考試所收的財物。了凡料到自己難逃厄運，便交給敏德一個空箱。待敏德發現，為時已晚。乾隆對香積庵里的蹊蹺之處感到不解，紀曉嵐道出此庵正是考生、考官行賄、受賄的交易場所，并懇請皇上不要打草驚蛇。看到發榜結果，考生們群情激憤。趙文龍、左山傀在和珅的指示下，欲讓吳盛欽裝瘋以擺脫考生們的包圍，然后派人將其滅口以掩蓋罪行，再嫁禍紀曉嵐。陰謀敗露，趙文龍、左山傀欲逃，敏德佯裝義正詞嚴地將兩人捉拿歸案。和珅擔心繼續追查下去會連累到自己，一方面以穩定民心為由勸乾隆適可而止，一方面殺趙文龍、左山傀滅口。